Genomika

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	B.6s.GEN.SI.BBTSX
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Genomika
Jednostka:	Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy:	Biotechnologia, 6 sem. stacjonarne, obowiązkowe
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Skrócony opis:	Celem zajęć jest zapoznanie studentów z aktualnym stanem wiedzy w zakresie analizy struktury i funkcji genomu oraz omówienie narzędzi badawczych wykorzystywanych w laboratoriach zajmujących się analizą genomu. Tematyka: Zajęcia obejmują trzy bloki tematyczne prezentujące zagadnienia z zakresu genomiki strukturalnej, genomiki funkcjonalnej i genomiki porównawczej. Szczególny nacisk jest położony na bieżące zagadnienia badawcze z zakresu genomiki roślin wyższych oraz potencjalne możliwości ich praktycznego zastosowania.
Pełny opis:	Wprowadzenie: definicja genomiki, genomika strukturalna, genomika porównawcza, genomika funkcjonalna. Genomika strukturalna: konstruowanie i wykorzystanie genetycznych map sprzężeń, strategie i technologia sekwencjonowania genomów, sekwencje kodujące i niekodujące, centromery, telomery, powtórzenia tandemowe i rozproszone, ruchome elementy genetyczne, charakterystyka, struktura, transpozycja Genomika funkcjonalna: identyfikacja sekwencji kodujących, ‘forward genetics’ i ‘reverse genetics’, analiza funkcji genu poprzez mutagenezę (transposon tagging, technologia TILLING), metody analizy ekspresji genów (Differential Display, cDNA-AFLP, SAGE), technologia mikromacierzy DNA (DNA chip/microarrays) Genomika porównawcza: różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, sekwencje ortologiczne i paralogiczne, uliniowienie sekwencji DNA i białek, syntenia (kolinearność genomów) Bazy danych sekwencyjnych (GenBank), poszukiwanie sekwencji homologicznych (BLAST search) Analiza sekwencji DNA in silico (narzędzia pozwalające na identyfikację otwartych ramek odczytu (ORF), intronów, rejonów promotorowych, itp.)
Literatura:	Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Brown T.A. 2001. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa
Efekty uczenia się:	WIEDZA - absolwent zna i rozumie: problematykę badawczą w obszarach genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej strukturę genomu organizmów eukariotycznych strategie i technologie sekwencjonowania i adnotacji genomów założenia metod identyfikacji rejonów kodujących i ich funkcji strukturę i funkcję ruchomych elementów genetycznych podstawowe zagadnienia dotyczące ewolucji genomów UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi: stosować podstawowe narzędzia bioinformatyczne do analizy sekwencji DNA interpretować wyniki analiz bioinformatycznych wykorzystywać zasoby internetowe online KOMPETENCJE SPOŁECZNE - absolwent jest gotów do: dokształcania i doskonalenia się w zakresie genomiki
Metody i kryteria oceniania:	Test jednokrotnego wyboru (51%) Rozwiązanie zadania problemowego, demonstracja praktycznych umiejętności (49%)

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.