Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genomika

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.6s.GEN.SI.BBTSX Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genomika
Jednostka: Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy: Biotechnologia, 6 sem. stacjonarne, obowiązkowe
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z aktualnym stanem wiedzy w zakresie analizy struktury i funkcji genomu oraz omówienie narzędzi badawczych wykorzystywanych w laboratoriach zajmujących się analizą genomu.

Tematyka: Zajęcia obejmują trzy bloki tematyczne prezentujące zagadnienia z zakresu genomiki strukturalnej, genomiki funkcjonalnej i genomiki porównawczej. Szczególny nacisk jest położony na bieżące zagadnienia badawcze z zakresu genomiki roślin wyższych oraz potencjalne możliwości ich praktycznego zastosowania.

Pełny opis:

Wprowadzenie: definicja genomiki, genomika strukturalna, genomika porównawcza, genomika funkcjonalna.

Genomika strukturalna: konstruowanie i wykorzystanie genetycznych map sprzężeń, strategie i technologia sekwencjonowania genomów, sekwencje kodujące i niekodujące, centromery, telomery, powtórzenia tandemowe i rozproszone, ruchome elementy genetyczne, charakterystyka, struktura, transpozycja

Genomika funkcjonalna: identyfikacja sekwencji kodujących, ‘forward genetics’ i ‘reverse genetics’, analiza funkcji genu poprzez mutagenezę (transposon tagging, technologia TILLING), metody analizy ekspresji genów (Differential Display, cDNA-AFLP, SAGE), technologia mikromacierzy DNA (DNA chip/microarrays)

Genomika porównawcza: różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, sekwencje ortologiczne i paralogiczne, uliniowienie sekwencji DNA i białek, syntenia (kolinearność genomów)

Bazy danych sekwencyjnych (GenBank), poszukiwanie sekwencji homologicznych (BLAST search)

Analiza sekwencji DNA in silico (narzędzia pozwalające na identyfikację otwartych ramek odczytu (ORF), intronów, rejonów promotorowych, itp.)

Literatura:

Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Brown T.A. 2001. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Efekty uczenia się:

WIEDZA - absolwent zna i rozumie:

problematykę badawczą w obszarach genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej

strukturę genomu organizmów eukariotycznych

strategie i technologie sekwencjonowania i adnotacji genomów

założenia metod identyfikacji rejonów kodujących i ich funkcji

strukturę i funkcję ruchomych elementów genetycznych

podstawowe zagadnienia dotyczące ewolucji genomów

UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi:

stosować podstawowe narzędzia bioinformatyczne do analizy sekwencji DNA

interpretować wyniki analiz bioinformatycznych

wykorzystywać zasoby internetowe online

KOMPETENCJE SPOŁECZNE - absolwent jest gotów do:

dokształcania i doskonalenia się w zakresie genomiki

Metody i kryteria oceniania:

Test jednokrotnego wyboru (51%)

Rozwiązanie zadania problemowego, demonstracja praktycznych umiejętności (49%)

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.