Analiza i diagnostyka mikrobiologiczna

KIERUNEK STUDÓW : ROLNICTWO / ECTS: 2 / semestr: 3

Profil: ogólnoakademicki / Forma i poziom: SM

status: /fakultatywny

Wymagania wstępne: brak

Celem nauczania jest zaznajomienie studentów z praktyczną praca analityczną i diagnostyczną w specjalistycznych laboratoriach mikrobiologicznych. Studenci zostaną zaznajomieni z najnowszymi metodami stosowanymi w diagnostyce. Studenci poznają metody analiz ilościowych wykrywania różnych ważnych grup drobnoustrojów pożytecznych i szkodliwych. Zostaną zaznajomieni z wykonywaniem specjalistycznych badań mikrobiologicznych materiału medycznego i środowiskowego. Przedstawione zostaną sposoby weryfikacji, a także interpretacji wyników badań i analiz mikrobiologicznych badanego materiału wykonanych zgodnie z regulacjami prawnymi zawartymi w Ustawach i Rozporządzeniach RP oraz Normach Polskich i Normach Unii Europejskiej.

WYKŁADY: (15 h)

1. Warunki pracy w laboratoriach mikrobiologicznych. Grupy ryzyka mikro-biologicznego.Metody zabezpieczania i unieszkodliwiania materiału biologicznego.Dobra technika mikrobiologiczna (DTM). Certyfikaty jakości, kontrola jakości, powtarzalność wyników, weryfikacja wyników.

2. Czynniki środowiskowe warunkujące występowanie i rozwój drobnoustrojów w różnych surowcach, półproduktach i wyrobach gotowych. Źródła zakażeń – wirusami, bakteriami i grzybami. Badania na nosicielstwo (bakterii, wirusów i pasożytów).

3. Pobór próbek do badań mikrobiologicznych, ich transport i przechowywanie.

4. Metody hodowli drobnoustrojów do celów diagnostycznych i analitycznych oraz produkcyjnych.

5. Metody oznaczania liczby i biomasy drobnoustrojów. Metody bezpośrednie i metody pośrednie. Szybkie metody określania liczby drobnoustrojów.

6. Powietrze jako źródło mikroflory; czynniki warunkujące skład aerozoli biologicznych. Metody badań stopnia zanieczyszczenia mikrobiologicznego powietrza.

7. Mikroflora pomieszczeń mieszkalnych, produkcyjnych i inwentarskich ze specjalnym uwzględnieniem występowania w nich bakterii i grzybów.

8. Mikroflora wody. Metody analizy mikrobiologicznej wody: metody standardowe i metody z zastosowaniem pożywek nowej generacji. Wymagania mikrobiologiczne dla wody jako surowca produkcyjnego w przemyśle farmaceutycznym, spożywczym, rolnictwie i gospodarstwie domowym.

9. . Źródła zagrożeń mikrobiologicznych w przemyśle.Higiena personelu produkcyjnego. Analiza sanitarno-higieniczna czystości cyklu produkcyjnego (System HACCP).

10. Mikrobiologiczne metody badania materiału klinicznego (krew, mocz oraz wymazy z gardła, nosa, ucha, pochwy, mikroflora i pasożyty w kale).

Przyczyny powstawania oporność drobnoustrojów na leki. Oznaczanie antybiotykooporności bakterii dla celów medycznych.

11. Procedury standardowe przy oznaczaniu przynależności systematycznej drobnoustrojów wyizolowanych z materiału środowiskowego i medycznego. Testy diagnostyczne.

12. Systematyka drobnoustrojów. Klucze diagnostyczne dla bakterii, promieniowców i grzybów.

13. Wykorzystanie najnowszych zdobyczy wiedzy z zakresu genetyki drobnoustrojów do oznaczania ich przynależności systematycznej. PCR – możliwości zastosowania w diagnostyce mikrobiologicznej.

14. Broń biologiczna. Źródła i przyczyny zagrożeń ze strony terrorystów. Bioterroryzm i agroterroryzm. Podstawy szybkiej diagnostyki skażenia bioterrorystycznego.

15. Procedury ustanawiania oraz sposoby korzystania i postępowania z Normami Polskimi, Normami Unii Europejskiej.

ĆWICZENIA: (15 h)

1) Ćwiczenia organizacyjne. BHP.

Podział metod analizy mikrobiologicznej

Zasady doboru metod badawczych.

2) Analiza mikrobiologiczna wody– met. filtracyjna, oznaczanie NPL metodą probówkową.

Mikroflora mięsa. Bakterioskopowa ocena czystości mięsa. Met. odciskowa.

3) Odczyt analizy wody

Analiza mikrobiologiczna czystości mąki.

Badanie czystości: rąk, powierzchni, owoców ...

Badanie skażenia mykologicznego podłóż gruntowych i innych materiałów

Analiza czystości powietrza

4) Odczyty analiz i interpretacja wyników.

Diagnostyka mikrobiologiczna:

Izolacja czystych kultur bakterii w celach diagnostycznych – pasażowanie po wieloboku

Izolacja czystych kultur grzybów-podłoża ogólne i diagnostyczne

Namnażanie czystych kultur bakterii do celów diagnostycznych. Przeszczepienie wybranych izolatów na skosy i bulion

5) Diagnostyka bakteriologiczna:

Podstawy diagnostyki bakterii, ocena makroskopowa, mikroskopowa – barwienie metodą Grama, barwienie otoczek bakteryjnych, barwienie przetrwalników etc.

6) Diagnostyka bakterii – barwienia c.d. Dobór podłóż selektywnych, testów biochemicznych i API-testów – zgodnie z zaleceniami kluczy diagnostycznych Bergey’a. Podstawy diagnostyki promieniowców

7) Zasady oznaczania przynależności systematycznej grzybów pleśniowych - zgodnie z zaleceniami kluczy diagnostycznych.

Struktura aktywności studenta:

zajęcia realizowane z bezpośrednim udziałem prowadzącego godz. 38 ECTS** 1,3

w tym:

wykłady 15 godz.

ćwiczenia i seminaria 15 godz.

konsultacje 2 godz.

udział w badaniach 4 godz.

obowiązkowe praktyki i staże 0 godz.

udział w egzaminie i zaliczeniu 2 godz.

e-learning 0 godz.

praca własna (0,7 ECTS**) 22 godz.

Podstawowa:

1. Mahon C.R., Lehman D.C., Manuselis G., 2007. Textbook of Diagnostic Microbiology. Elsevier, St.Luis.

2. Szewczyk E.M.: Diagnostyka bakteriologiczna. PWN, Warszawa 2005

3. Przondo-Mordarska A. (tłum.), 2005. Podstawowe procedury laboratoryjne w bakteriologii klinicznej. PZWL, Warszawa.

Uzupełniająca:

1. Normy Polskie, poradniki sanitarne, przepisy i dyrektywy UE, ustawy i rozporządzenia, aktualne publikacje z zakresu realizowanych zajęć, klucze diagnostyczne, wytyczne KORLD i EUCAST

2. Pepper I.L., Gerba C.P., 2004. Environmental Microbiology – A Laboratory Manual. Elsevier Academic Press.

3. Manza de la L.M., Pezzlo M.T., Baron E.J., 1997. Color Atlas of Diagnostic Microbiology. Mosby. St. Luis.

Wiedza

- Student posiada ogólną wiedzę z zakresu analizy mikrobiologicznej i podstawowe wiadomości z zakresu diagnostyki laboratoryjnej

- Zna podstawowe zasady postępowania z materiałem zawierającym drobnoustroje - w tym z materiałem klinicznym.

Umiejętności

- Potrafi wyszukać odpowiednie rozporządzenia oraz normy i w oparciu o nie dobrać metodę badawczą do analizowanego materiału

- Samodzielnie posługuje się podstawową aparaturą i sprzętem laboratoryjnym

- Student potrafi wykonać podstawowe mikrobiologiczne analizy ilościowe i jakościowe różnych próbek oraz zinterpretować uzyskane wyniki.

Kompetencje społeczne

- Organizuje pracę w małym laboratorium celem wykonania podstawowych analiz ilościowych

- Wykorzystuje zdobytą wiedzę z zakresu analizy mikrobiologicznej i potrafi ją połączyć z innymi dyscyplinami naukowymi, takimi jak: biologia molekularna, genetyka czy biotechnologia.

Wykłady:

Zaliczenie pisemne

Ćwiczenia:

Warunkiem uzyskania zaliczenia z ćwiczeń jest obecność i czynny udział w zajęciach laboratoryjnych. Na bieżąco oceniane są umiejętności praktyczne studenta oraz - na koniec zajęć - wiedza teoretyczna w formie pisemnej.

Udział ćwiczeń i wykładów w końcowej ocenie:

50% wykłady i 50% ćwiczenia

1. Ocena niedostateczna (2,0): wystawiana jest wtedy, jeśli w zakresie co najmniej jednej z trzech składowych (W, U

lub K) przedmiotowych efektów kształcenia student uzyska mniej niż 50% obowiązujących efektów dla danej składowej.

2. Ocena dostateczna (3,0): wystawiana jest wtedy, jeśli w zakresie każdej z trzech składowych (W, U lub K) efektów

kształcenia student uzyska przynajmniej 50% obowiązujących efektów dla danej składowej.

3. Ocena ponad dostateczna (3,5): wystawiana jest na podstawie średniej arytmetycznej z trzech składowych (W, U lub

K) efektów kształcenia (średnio 61-70%).

4. Podobny sposób obliczania ocen jak przedstawiony w pkt. 3 przyjęto dla ocen dobrej (4,0 - średnio 71-80%), ponad

dobrej (4,5 - średnio 81-90%) i bardzo dobrej (5,0 - średnio >90%).

UWAGA: Prowadzący zajęcia, na podstawie stopnia opanowania przez studenta obowiązujących treści programowych danego

przedmiotu, w oparciu o własne doświadczenie dydaktyczne, formułuje ocenę, posługując się podanymi wyżej kryteriami

formalnymi.