Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Analiza genomu

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: O.2s.AGE.SM.OOGBY
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Analiza genomu
Jednostka: Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: (brak danych)
Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z etapami analizy danych dotyczących sekwencji genomowego DNA, zwłaszcza w kontekście możliwości oferowanych przez platformy sekwencjonowania następnej generacji, a także przedstawienie wybranych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie strukturalnej i porównawczej genomów. Przystąpienie do zajęć wymaga wcześniejszego zaliczenia kursów z zakresu genetyki molekularnej i podstaw genomiki roślin.

Pełny opis:

Analiza genomowego DNA: adnotacja, bazy danych, maskowanie sekwencji repetytywnych, analiza porównawcza

Rola RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu chromatyny

Struktura genomów roślinnych

Analiza sekwencji DNA, konstruowanie kontigów, dopasowanie sekwencji, charakterystyka strukturalna i porównawcza

Eksploracja baz danych sekwencji kwasów nukleinowych i białek

Eksploracja baz danych sekwencji repetytywnych, maskowanie genomu

Przeglądarki genomowe (genome browsers)

Literatura:

1. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Efekty uczenia się:

Porównuje technologie sekwencjonowania DNA

Wymienia zastosowania technologii sekwencjonowania następnej generacji

Charakteryzuje wysokowydajne techniki genotypowania

Opisuje strategie i technologie sekwencjonowania i adnotacji genomów

Wymienia kolejne etapy adnotacji genomu oraz narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich realizację

Porównuje technologie wysokowydajnej analizy transkryptomu

Tłumaczy rolę RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów

Wykorzystuje publicznie dostępne narzędzia bioinformatyczne pozwalające na analizę genomu

Eksploruje bazy danych sekwencji DNA i białek online

Interpretuje wyniki prostych eksperymentów in silico

Korzysta z wyszukiwarek publikacji naukowych

Przygotowuje wystąpienia ustne w oparciu o publikacje naukowe

Metody i kryteria oceniania:

test

sprawozdanie/raport z prac

prezentacja ustna

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)