Analiza genomu
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | O.2s.AGE.SM.OOGBY |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Analiza genomu |
Jednostka: | Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | (brak danych) |
Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zapoznanie studentów z etapami analizy danych dotyczących sekwencji genomowego DNA, zwłaszcza w kontekście możliwości oferowanych przez platformy sekwencjonowania następnej generacji, a także przedstawienie wybranych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie strukturalnej i porównawczej genomów. Przystąpienie do zajęć wymaga wcześniejszego zaliczenia kursów z zakresu genetyki molekularnej i podstaw genomiki roślin. |
Pełny opis: |
Analiza genomowego DNA: adnotacja, bazy danych, maskowanie sekwencji repetytywnych, analiza porównawcza Rola RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu chromatyny Struktura genomów roślinnych Analiza sekwencji DNA, konstruowanie kontigów, dopasowanie sekwencji, charakterystyka strukturalna i porównawcza Eksploracja baz danych sekwencji kwasów nukleinowych i białek Eksploracja baz danych sekwencji repetytywnych, maskowanie genomu Przeglądarki genomowe (genome browsers) |
Literatura: |
1. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa |
Efekty uczenia się: |
Porównuje technologie sekwencjonowania DNA Wymienia zastosowania technologii sekwencjonowania następnej generacji Charakteryzuje wysokowydajne techniki genotypowania Opisuje strategie i technologie sekwencjonowania i adnotacji genomów Wymienia kolejne etapy adnotacji genomu oraz narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich realizację Porównuje technologie wysokowydajnej analizy transkryptomu Tłumaczy rolę RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów Wykorzystuje publicznie dostępne narzędzia bioinformatyczne pozwalające na analizę genomu Eksploruje bazy danych sekwencji DNA i białek online Interpretuje wyniki prostych eksperymentów in silico Korzysta z wyszukiwarek publikacji naukowych Przygotowuje wystąpienia ustne w oparciu o publikacje naukowe |
Metody i kryteria oceniania: |
test sprawozdanie/raport z prac prezentacja ustna |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.