Zastosowanie programów bioinformatycznych w genetyce molekularnej-practicum
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | H.ZHB.PRO9.SM.HBIOY |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Zastosowanie programów bioinformatycznych w genetyce molekularnej-practicum |
Jednostka: | Katedra Rozrodu, Anatomii i Genomiki Zwierząt |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest charakterystyka programów komputerowych wykorzystywanych w biologii molekularnej stanowiących podstawowe narzędzie do wyszukiwania i odczytu sekwencji genów, białek, konstrukcji starterów, tworzenia testów molekularnych, analizy porównawczej genów, transkryptów, genomów oraz filogenetyki. W ramach przedmiotu student będzie posługiwać się wiedzą z zakresu technik bioinformatycznych, umiejętnościami stosowania programów komputerowych wykorzystywanych w analizach z zakresu genetyki molekularnej, zarówno podczas projektowania doświadczeń jak i podczas obróbki wyników prac laboratoryjnych. |
Pełny opis: |
Poszukiwanie sekwencji genów w genomowych bazach danych NCBI GenBank, ArkDB, Ensembl Zastosowanie programu Primer3Plus do konstruowania starterów do reakcji amplifikacji wybranych loci Projektowanie testów diagnostycznych PCR-RFLP z wykorzystaniem programu RestrictionMarker Analiza porównawcza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy zastosowaniu metod heurystycznych. Program BLAST Przewidywanie struktury II i III rzędowych białek na podstawie sekwencji DNA i RNA. Praca z bazą PDB oraz JPred i ExPASy. Zastosowanie programów komputerowych w analizach filogenetycznych (MSA, STRUCTURE, Phylip, NEIGHBORNET) Predykcja miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych (program TFBIND) Analiza QTL, haplodimerów przy zastosowaniu bazy AnimalQTLdb Analiza UTR genów przy pomocy programu NetUTR Analiza sekwencji genów na podstawie programu BioEdit |
Literatura: |
1. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. A.D. Baxevanis, B.F.F. Quellette, PWN, 2005 2. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. P.G. Higgs, T.K. Attwood, PWN, 2008 3. Genomy. T.A. Brown, PWN, 2009 4. Biochemia J.M.Berg, J.L. Tymoczko, L.Stryer, PWN,2005 5. Nauka po prostu. Rożek T. Demart S.A. 2011. |
Efekty uczenia się: |
umie zastosować odpowiedni program komputerowy do wyszukiwania i odczytu sekwencji genów, białek, konstruowania starterów dla reakcji PCR, potrafi przeprowadzić testy molekularne i analizę porównawczą genów, transkryptów, genomów przy zastosowaniu odpowiedniego programu bioinformatycznego; stosuje programy komputerowe w analizach z zakresu genetyki molekularnej oraz filogenetyki, zarówno podczas projektowania doświadczeń jak i podczas obróbki wyników prac laboratoryjnych. Rozumie potrzebę i możliwości uczenia się przez całe życie, potrafi kierować i współdziałać w grupie przyjmując w niej różne role, potrafi odpowiednio określić priorytety i zorganizować czas wykonywanych doświadczeń, ma świadomość odpowiedzialności za wspólnie planowane i realizowane zadania. Dostrzega możliwość wykorzystania programów bioinformatycznych w praktyce, ma świadomość konsultacji pomiędzy nauką a praktyką |
Metody i kryteria oceniania: |
Metoda oceny - rozwiązanie zadania problemowego, analiza przypadku Kryteria oceny: Na ocenę 2 <55% Na ocenę 3 55-60% Na ocenę 3,5 61-70% Na ocenę 4 71-80% Na ocenę 4,5 81-90% Na ocenę 5 >90% |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.