Wstęp do genomiki
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | H.GDZ.WST9.NI.HZONY |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Wstęp do genomiki |
Jednostka: | Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt |
Grupy: |
Zootechnika niestacjonarne elektywy I stopień |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | (brak danych) |
Skrócony opis: |
Integracja genetyki molekularnej oraz biologii teoretycznej, ściśle związanej z bioinformatyką pozwala na stworzenie narzędzi pozwalających lepiej zrozumieć procesy i interakcje zachodzące w organizmach. Oprócz nadrzędnego celu jakim jest poznanie sekwencji genomów, dzięki zastosowaniu narzędzi bioinformatycznych możliwa jest predykcja zależności i interakcji między molekułami organizmu. Postęp hodowlany jaki obecnie ma miejsce jest napędzany adnotacjami wariantów sekwencji mających wpływ na ważne cechy produkcyjne, rozrodcze i zdrowotne zwierząt. Poznanie ich oraz zrozumienie interakcji między nimi pozwala na prowadzenie efektywnej pracy hodowlanej. Tematyka: Zajęcia będą obejmować bloki poświęcone poszczególnym zagadnieniom genomiki: strukturalnej, funkcjonalnej oraz porównawczej. Najważniejszym celem przedmiotu jest zapoznanie z wynikami bieżących badań dotyczących genomiki zwierząt gospodarskich, ich interpretacji oraz sposobami implementacji tych badań do hodowli. |
Pełny opis: |
Wykłady (10h) 1. Genomika strukturalna: sekwencjonowania genomów i genów – dostępne technologie (NGS, SANGER sequencing), sekwencje kodujące i niekodujące – sposoby identyfikacji; analiza sekwencji i jej opis. Analiza wyników oraz wykorzystanie ich w pracy hodowlanej; Mapy fizyczne genomu - 4h 2. Genomika funkcjonalna (4 jednostek ćwiczeniowych) czyli jak na podstawie informacji w genomie działa komórka, tkanka - identyfikacja sekwencji kodujących, metody analizy ekspresji genów, technologia mikromacierzy DNA (DNA chip/microarrays) - 3h 3. Genomika porównawcza (3 jednostki ćwiczeniowe): różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, przewidywanie funkcji białek oraz szlaków metabolicznych - 3h Ćwiczenia (20h): 1. Genomika strukturalna: sekwencje kodujące i niekodujące – sposoby identyfikacji; analiza sekwencji i jej opis. Analiza wyników oraz wykorzystanie ich w pracy hodowlanej - 4,5h 1. Genomika funkcjonalna - identyfikacja sekwencji kodujących, metody analizy ekspresji genów, technologia mikromacierzy DNA (DNA chip/microarrays) - 4,5h 3. Genomika porównawcza - różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, przewidywanie funkcji białek oraz szlaków metabolicznych - 4,5h 4. Laboratorium Katedry Genetyki i Metod Doskonalenia Zwierząt - 5h Zaliczenie ćwiczeń 1,5h |
Literatura: |
Brian Kinghorn and Julius van der Werf, 2000. Notest on QTL course: Identifying and incorporating genetic markers and major genes in anial breeding programs Ben Hayes, 2007. QTL mapping, MAS and genomic selection |
Efekty uczenia się: |
WIEDZA − absolwent zna i rozumie: H.GDZ.WST9.NI.HZONY_W01 potrafi zidentyfikować polimorfizmy. opisać je oraz przewidzieć możliwość ich wykorzystania w hodowli ZOO1_08 R H.GDZ.WST9.NI.HZONY_W02 rozumie jak mutacje mogą wpłynąć na hodowlę danego gatunku ZOO1_W11 R UMIEJĘTNOŚCI − absolwent potrafi: H.GDZ.WST9.NI.HZONY_U02 rozumie sposób działania organizmu i wpływu zmian na poziomie molekularnym na komórki i tkanki; potrafi odnieść te zależności do sposobu selekcji oraz oceny wartości hodowlanej ZOO1_U07 R H.GDZ.WST9.NI.HZONY_U03 umie wytłumaczyć konieczność wykorzystania informacji o zmienności w pracy hodowlanej oraz rozumie wszystkie zagrożenia związane z nimi ZOO1_U018 R KOMPETENCJE SPOŁECZNE − absolwent: H.GDZ.WST9.NI.HZONY_K01 potrafi wytłumaczyć konieczność wykorzystanie metod molekularnych w hodowli w rozmowie z hodowcą ZOO1_K07 R |
Metody i kryteria oceniania: |
Wykłady: Test zaliczeniowy złożony z pytań otwartych oraz pytań jednokrotnego wyboru Student aby uzyskać zaliczenie musi mieć 65% odpowiedzi prawidłowych – ocena dostateczna; 66-75% – ponad dostateczny; 76-85% – dobry; 86-94% - ponad dobry; 95-100% - bardzo dobry Ocena z testu stanowi 70% oceny końcowej. Ćwiczenia: Zaliczenie ćwiczeń - Dwa kolokwia pisemne (80%) oraz prace zaliczeniowe wykonywane podczas zajęć (20%). Zaliczenie bloków tematycznych będzie polegało na wykonaniu 5 zadań (5 poprawnie wykonanych – b.dobry; 4 poprawnie wykonane –dobry; 3 poprawnie wykonane – dostateczny) |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.