Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka
Jednostka: Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt
Grupy: Zootechnika stacjonarne elektywy II stopień
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: (brak danych)
Skrócony opis:

Znaczący postęp w genomice strukturalnej zwierząt powoduje coraz częstsze wykorzystanie tych informacji w decyzjach hodowlanych. Celem przedmiotu jest zaznajomienie słuchaczy z bioinformatycznymi bazami danych: ENSEMBL, NCBI, PDB sposobem archiwizacji i wizualizacji danych. Analiza dostępnych sekwencji nukleotydowych oraz białkowych w oparciu o wybrane programy bioinformatyczne (np. opcja BLAST,Sequin, Cn3D, TMHMM) ma służyć studentom do przedstawienia możliwości w zakresie adnotacji sekwencji do baz danych, pełnej analizy tych sekwencji pod katem budowy, struktury oraz ich funkcjonalności. Ponadto słuchacze zapoznają się z możliwościami wykorzystania informacji z poziomu DNA/RNA/białko w badaniach filogenetycznych

Pełny opis:

Temat wykładów (15h)

1.Baza NCBI oraz ENSEMBL – omówienie struktury baz oraz zapoznanie ze sposobem archiwizacji wyników, zawartymi danymi, poszukiwanie sekwencji, rozróżnianie części kodujących i niekodujących - 3h

1.DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, polimorfizmy - określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową; narzędzia bioinformatyczne w analizie ekspresji genów - 4h

3.Analiza białek na poziomie sekwencji, rodzin i motywów, porównanie sekwencji aminokwasowych, struktury I, II i III rzędowe - 4h

4.Filogenetyka – sposób wykorzystania sekwencji DNA/białka do badań filogenetycznych - 3h

5.Zaliczenie 1h

Tematyka ćwiczeń (30h):

1.Baza NCBI oraz ENSEMBL, funkcja BLAST – zapoznanie z opcjami programu BLAST, identyfikacja sekwencji z użyciem poszczególnych programów BLAST – BLASTx, nBLAST, BLASTp, tBLAST,n, tBLASTx (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5 godz. każda).

2.DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, identyfikacja i poszukiwanie polimorfizmów oraz określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową (np. PolyPhen-2, PANTHER). Program Sequin – umieszczanie sekwencji w bazach (5 jednostek ćwiczeniowych po 1,5 h każda).

3.Narzędzia bioinformatyczne stosowane w analizie ekspresji genów (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda)

4.Białka - Analiza na poziomie sekwencji, rodzin i motywów - porównanie sekwencji aminokwasowych, predykcja struktury II i III rzędowej. Analiza sekwencji przy pomocy programu Cn3D. Analiza funkcji białek. Struktury molekularne oraz komórkowe (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5h każda)

5.Możliwości zastosowań narzędzi bioinformatycznych w filogenetyce – analiza struktury DNA, RNA oraz białek (4 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda).

6.Zaliczenie ćwiczeń 1,5h

Literatura:

1."Bioinformatyka : podręcznik do analizy genów i białek" pod red. A. D. Baxevanisa i B. F. F. Ouellette'a

2."Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P.Higgs, T.Attwood

3. Instrukcje online programów bioinformatycznych

Efekty uczenia się:

WIEDZA − absolwent zna i rozumie:

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_W01 pojęcie polimorfizmu oraz jego potencjalnego wpływu na białka ZOO2_W03 R

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_W02 sposoby określania prawdopodobieństwa wpływu polimorfizmu na białko pełniące konkretna funkcję w organizmie ZOO2_W05 R

UMIEJĘTNOŚCI − absolwent potrafi:

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_U01 potrafi korzystać i przeszukiwać bazy danych bioinformatyczznych ZOO2_U01 R

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_U02 posługiwać się językiem obcym pozwalającym na zrozumienie budowy, funkcjonowania i treści zawartych w bazach danych ZOO2_U018 R

KOMPETENCJE SPOŁECZNE − absolwent:

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_K01 zdaje sobie sprawę z ciągłego postępu w adnotacjach polimorfizmów oraz postępu w sposobie ich identyfikacji/ analizy ZOO2_K01 R

H.GDZ.BIO9.SM.HZOUY_K02 współpracuje z hodowcami pomagając zrozumieć im możliwości aplikacyjne identyfikowanych panelów polimorfizmów ZOO2_K09 R

Metody i kryteria oceniania:

Wykłady - Test zaliczeniowy złożony z pytań otwartych oraz pytań jednokrotnego wyboru Student aby uzyskać zaliczenie musi mieć 65% odpowiedzi prawidłowych – ocena dostateczna; 66-75% – ponad dostateczny; 76-85% – dobry; 86-94% - ponad dobry; 95-100% - bardzo dobry Ocena z testu stanowi 60% oceny końcowej.

Ćwiczenia - Dwa kolokwia pisemne (80%) oraz prace zaliczeniowe wykonywane podczas zajęć (20%) - Zaliczenie ćwiczeń (zadania wykonywane na ćwiczeniach - poprawne wykonanie analizy bioinformatycznej otrzymanych plików sekwencyjnych). Zaliczenie praktyczne bloków tematycznych będzie polegało na wykonaniu 5 zadań (5 poprawnie wykonanych – b.dobry; 4 poprawnie wykonane –dobry; 3 poprawnie wykonane – dostateczny)

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Migdał
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-23
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Migdał
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (w trakcie)

Okres: 2020-02-24 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Migdał
Prowadzący grup: Łukasz Migdał
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.