Zastosowanie analizy genetyczno-populacyjnej w ochronie gatunkowej ryb

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	H.GDZ.ANA9.SM.HZOUY
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Zastosowanie analizy genetyczno-populacyjnej w ochronie gatunkowej ryb
Jednostka:	Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Skrócony opis:	Celem przedmiotu jest wprowadzenie studentów w zagadnienia związane z szacowaniem zmienności genetycznej oraz parametrami oceny kondycji genetycznej populacji ryb. Przedstawione zostaną klasyczne metody analizy struktury genetycznej w oparciu o informację rodowodową. Słuchacze zapoznają się również z problemem równowagi genetycznej populacji. Omówione zostanie szacowanie frekwencji genotypów i genów w oparciu o liczebności osobników o określonych genotypach, frekwencje genotypów i genów w stanie równowagi i przy jej braku, przyczyny i skutki braku równowagi genetycznej populacji w odniesieniu do różnych gatunków ryb. Przedstawione również zostanie wykorzystanie wyników analizy molekularnej DNA ryb do badania struktury genetycznej populacji. Studenci zapoznają się z zastosowaniem parametrów opisujących kondycję genetyczną populacji. Omówione zostaną również zasady szacowania dystansu genetycznego (D) oraz konstrukcji drzew filogenetycznych.
Pełny opis:	WYKŁADY Klasyczne metody analizy struktury genetycznej w oparciu o informację rodowodową: szacowanie inbredu i spokrewnienia w populacji, szacowanie efektywnej liczby przodków i założycieli oraz ich wykorzystanie w monitorowaniu struktury genetycznej populacji ryb. Szacowanie efektywnej liczebności (wielkości) populacji z wykorzystaniem informacji o zmianach inbredu lub liczebności osobników rodzicielskich w populacji, efektywna liczebność (wielkość) populacji jako wskaźnik zmian w strukturze populacji ryb. Szacowanie frekwencji genotypów i genów w oparciu o liczebności osobników o określonych genotypach – równowaga genetyczna oraz przyczyny jej braku w populacjach ryb. Badanie struktury genetycznej populacji ryb w oparciu o wyniki analizy molekularnej; badanie polimorfizmu DNA (sekwencje mikrosatelitarne, mini satelitarne i polimorfizm liczby kopii); polimorfizm podstawień jednonukleotydowych (SNP), polimorfizm mikrosatelitarnego DNA, polimorfizm regionu kontrolnego DNA mitochondrialnego. Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: oznaczanie liczby alleli (Na) w danym locus, szacowanie bogactwa allelicznego ang. allelic richness (R). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie współczynników heterozygotyczności oczekiwanej (HE) i obserwowanej (HO) w danym locus, szacowanie współczynnika polimorficzności (PIC). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie współczynników utrwalenia (FST) dla zmienności między populacjami oraz inbredu (FIS) wg Wright’a (1951). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie wskaźnika różnorodności Shannona (SI). Metody ustalania dystansu genetycznego (D) między populacjami oraz jego wykorzystanie do tworzenia różnych rodzajów drzew filogenetycznych u ryb. ĆWICZENIA Klasyczne metody analizy struktury genetycznej w oparciu o informację rodowodową: szacowanie inbredu i spokrewnienia w populacji, szacowanie efektywnej liczby przodków i założycieli oraz ich wykorzystanie w monitorowaniu struktury genetycznej populacji ryb. Szacowanie efektywnej liczebności (wielkości) populacji z wykorzystaniem informacji o zmianach inbredu lub liczebności osobników rodzicielskich w populacji, efektywna liczebność (wielkość) populacji jako wskaźnik zmian w strukturze populacji ryb. Szacowanie frekwencji genotypów i genów w oparciu o liczebności osobników o określonych genotypach – równowaga genetyczna oraz przyczyny jej braku w populacjach ryb. Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: oznaczanie liczby alleli (Na) w danym locus, szacowanie bogactwa allelicznego ang. allelic richness (R). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie współczynników heterozygotyczności oczekiwanej (HE) i obserwowanej (HO) w danym locus, szacowanie współczynnika polimorficzności (PIC). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie współczynników utrwalenia (FST) dla zmienności między populacjami oraz inbredu (FIS) wg Wright’a (1951). Wykorzystanie wyników badań molekularnych do analizy struktury genetycznej populacji ryb: szacowanie wskaźnika różnorodności Shannona (SI). Metody ustalania dystansu genetycznego (D) między populacjami oraz jego wykorzystanie do tworzenia różnych rodzajów drzew filogenetycznych u ryb.
Literatura:	1. Charon K.M., Świtoński M.. Genetyka i genomika zwierząt. Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012. 2. Fopp-Bayat D., Łuczyński M., Jankun M.. Rola genetyki populacyjnej w zachowaniu bioróżnorodności ryb. Wydawnictwo UWM Olsztyn, 2010. 3. Kania-Gierdziewicz J.. Analiza struktury genetycznej – udział założycieli w puli genów populacji. Wiadomości Zootechniczne, R. XLIII, 2: 27-34, 2006. 4. Kania-Gierdziewicz J.. Metody szacowania spokrewnienia i inbredu stosowane w analizie struktury genetycznej populacji. Wiadomości Zootechniczne, R. XLVI, 3: 29-41, 2008. 5. Pilot M., Rutkowski R.. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. Wydawnictwo Muzeum i Instytutu Zoologii PAN, 2005. 6. Wright S.. The genetical structure of populations. Annals of Eugenics 15: 323-354,1951. 7. Żuk B., Wierzbicki H., Zatoń-Dobrowolska M., Kulisiewicz Z.. Genetyka populacji i metody hodowlane. PWRiL, Warszawa, 2011.
Efekty uczenia się:	Wiedza: posiada zaawansowaną wiedzę na temat genetyki oraz metod chowu, hodowli i ochrony ryb a także implementacji najnowszych osiągnięć nauki w tej dziedzinie; dysponuje wiedzą na temat metod i sposobów oceny struktury genetycznej populacji ryb. Umiejętności: posiada zdolność oceny wpływu różnych czynników środowiskowych i hodowlanych na strukturę genetyczną populacji ryb; potrafi krytycznie analizować kondycję genetyczną różnych gatunków ryb, a następnie samodzielnie formułuje wnioski dotyczące możliwości jej polepszenia; ma zdolność analizy metod służących ocenie jakości struktury genetycznej populacji ryb w odniesieniu do różnych warunków środowiska. Kompetencje społeczne: ma świadomość zagrożeń dla środowiska wynikających z zaburzenia równowagi genetycznej w populacjach ryb; potrafi ocenić ryzyko niekorzystnych zmian w strukturze genetycznej populacji ryb wynikające z intensyfikacji produkcji rybackiej i nadmiernej eksploatacji ekosystemów wodnych; zna ograniczenia posiadanej wiedzy i rozumie potrzebę nieustannego poszerzania interdyscyplinarnej wiedzy i doskonalenia umiejętności.
Metody i kryteria oceniania:	zaliczeniena ocenę Sposób oceniania: na ocenę 2 Wiedza, Umiejętności i Kompetencje społ. <55% na ocenę 3 Wiedza, Umiejętności i Kompetencje społ. 55-60% na ocenę 3,5 Wiedza, Umiejętności i Kompetencje społ. 61-70% na ocenę 4 Wiedza, Umiejętności i Kompetencje społ. 71-80% na ocenę 4,5 Wiedza, umiejętności i Kompetencje społ. 81-90% na ocenę 5 Wiedza, Umiejętności i Kompetencje społ. >90%

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.