Bioinformatyka
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | H.1s.INF.SM.HZOBZ |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Bioinformatyka |
Jednostka: | Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt |
Grupy: |
Bioinżynieria zwierząt II stopnia I sem. obowiązkowe |
Punkty ECTS i inne: |
2.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest zaznajomienie słuchaczy z bioinformatycznymi bazami danych: ENSEMBL, NCBI, PDB sposobem archiwizacji i wizualizacji danych. Analiza dostępnych sekwencji nukleotydowych oraz białkowych w oparciu o wybrane programy bioinformatyczne (np. opcja BLAST,Sequin, Cn3D, TMHMM) ma służyć studentom do przedstawienia możliwości w zakresie adnotacji sekwencji do baz danych, pełnej analizy tych sekwencji pod katem budowy, struktury oraz ich funkcjonalności. Ponadto słuchacze zapoznają się z możliwościami wykorzystania informacji z poziomu DNA/RNA/białko w badaniach filogenetycznych |
Pełny opis: |
Wykłady (5h) 1. Dopasowanie par sekwencji (wprowadzenie, macierze kropkowe, globalne i lokalne) – 2h 2. Dopasowania par sekwencji (metody heurystyczne); dopasowania wielosekwencyjne (MSA) – 2h 3. Metody statystyczne (modele Markova) – 1h Ćwiczenia (25h) 1.Baza NCBI oraz ENSEMBL, funkcja BLAST – zapoznanie z opcjami programu BLAST, identyfikacja sekwencji z użyciem poszczególnych programów BLAST – BLASTx, nBLAST, BLASTp, tBLAST,n, tBLASTx (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5 godz.). 2.DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, identyfikacja i poszukiwanie polimorfizmów oraz określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową (np. PolyPhen-2, PANTHER). Program Sequin – umieszczanie sekwencji w bazach (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5 h każda). 3.Białka - Analiza na poziomie sekwencji, rodzin i motywów - porównanie sekwencji aminokwasowych, predykcja struktury II i III rzędowej. Analiza sekwencji przy pomocy programu Cn3D. Analiza funkcji białek. Struktury molekularne oraz komórkowe (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5h każda) 4.Możliwości zastosowań narzędzi bioinformatycznych w filogenetyce – analiza struktury DNA, RNA oraz białek (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda). 5.Zaliczenie (1,5h) |
Literatura: |
1. "Bioinformatyka : podręcznik do analizy genów i białek" pod red. A. D. Baxevanisa i B. F. F. Ouellette'a 2. "Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P.Higgs, T.Attwood 3. Literatura uzupełniająca dołączona do programów znajdująca się na stronach internetowych |
Efekty uczenia się: |
WIEDZA − absolwent zna i rozumie: H.1s.INF.SM.HZOBY_W01 pojęcie polimorfizmu oraz potencjalnego wpływu na białka BIOI2_W07 RZ H.1s.INF.SM.HZOBY_W02 reakcję sekwencjonowania SANGERA oraz sekwencjonowania całogenomowego organizmów BIOI2_W01 RZ H.1s.INF.SM.HZOBY_W03 zależności między układami oraz wpływ zmiany w ilości ekspresji białka na organizm BIOI2_W09 RZ UMIEJĘTNOŚCI − absolwent potrafi: H.1s.INF.SM.HZOBY_U01 wykorzystać narzędzia bioinformatyczne do oceny przydatności danej zmiany w hodowli BIOI2_U1 RZ, PB H.1s.INF.SM.HZOBY_U02 posługiwać się językiem obcym pozwalającym na zrozumienie budowy, funkcjonowania i treści zawartych w bazach danych BIOI2_U11 RZ KOMPETENCJE SPOŁECZNE − absolwent: H.1s.INF.SM.HZOBY_K01 zdaje sobie sprawę z ciągłego postępu w adnotacjach polimorfizmów oraz postępu w sposobie ich identyfikacji/ analizy BIOI2_K01 RZ H.1s.INF.SM.HZOBY_K02 współpracuje z hodowcami pomagając zrozumieć im możliwości aplikacyjne identyfikowanych panelów polimorfizmów BIOI2_K08 RZ H.1s.INF.SM.HZOBY_K02 zna zakres posiadanej przez siebie wiedzy i umiejętności, rozumie potrzebę uczenia się i ciągłego dokształcania przez całe życie, potrafi organizować proces uczenia się innych osób" BIOI2_K01 RZ |
Metody i kryteria oceniania: |
Dwa kolokwia pisemne (80%) oraz prace zaliczeniowe wykonywane podczas zajęć (20%) - Zaliczenie ćwiczeń (zadania wykonywane na ćwiczeniach - poprawne wykonanie analizy bioinformatycznej otrzymanych plików sekwencyjnych). Zaliczenie praktyczne bloków tematycznych będzie polegało na wykonaniu 5 zadań (5 poprawnie wykonanych – b.dobry; 4 poprawnie wykonane –dobry; 3 poprawnie wykonane – dostateczny) |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (zakończony)
Okres: | 2021-02-25 - 2021-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin
Wykład, 5 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Łukasz Migdał | |
Prowadzący grup: | Łukasz Migdał | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/2022" (zakończony)
Okres: | 2022-02-28 - 2022-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin
Wykład, 5 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Łukasz Migdał | |
Prowadzący grup: | Łukasz Migdał | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2022/2023" (zakończony)
Okres: | 2023-02-27 - 2023-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT CWL
CWL
CWL
CWL
ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin
Wykład, 5 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Łukasz Migdał | |
Prowadzący grup: | Łukasz Migdał | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/2024" (w trakcie)
Okres: | 2024-02-26 - 2024-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT CWL
CWL
ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin
Wykład, 5 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Łukasz Migdał | |
Prowadzący grup: | Łukasz Migdał | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.