Bioinformatyka
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | H.1s.INF.SM.HZOBY | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Bioinformatyka | ||
| Jednostka: | Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt | ||
| Grupy: |
Bioinżynieria zwierząt 1 sem. obowiązkowe II stopień |
||
| Punkty ECTS i inne: |
2.00  |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest zaznajomienie słuchaczy z bioinformatycznymi bazami danych: ENSEMBL, NCBI, PDB sposobem archiwizacji i wizualizacji danych. Analiza dostępnych sekwencji nukleotydowych oraz białkowych w oparciu o wybrane programy bioinformatyczne (np. opcja BLAST,Sequin, Cn3D, TMHMM) ma służyć studentom do przedstawienia możliwości w zakresie adnotacji sekwencji do baz danych, pełnej analizy tych sekwencji pod katem budowy, struktury oraz ich funkcjonalności. Ponadto słuchacze zapoznają się z możliwościami wykorzystania informacji z poziomu DNA/RNA/białko w badaniach filogenetycznych |
||
| Pełny opis: |
Wykłady (5h) 1. Dopasowanie par sekwencji (wprowadzenie, macierze kropkowe, globalne i lokalne) – 2h 2. Dopasowania par sekwencji (metody heurystyczne); dopasowania wielosekwencyjne (MSA) – 2h 3. Metody statystyczne (modele Markova) – 1h Ćwiczenia (25h) 1.Baza NCBI oraz ENSEMBL, funkcja BLAST – zapoznanie z opcjami programu BLAST, identyfikacja sekwencji z użyciem poszczególnych programów BLAST – BLASTx, nBLAST, BLASTp, tBLAST,n, tBLASTx (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5 godz.). 2.DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, identyfikacja i poszukiwanie polimorfizmów oraz określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową (np. PolyPhen-2, PANTHER). Program Sequin – umieszczanie sekwencji w bazach (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5 h każda). 3.Białka - Analiza na poziomie sekwencji, rodzin i motywów - porównanie sekwencji aminokwasowych, predykcja struktury II i III rzędowej. Analiza sekwencji przy pomocy programu Cn3D. Analiza funkcji białek. Struktury molekularne oraz komórkowe (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5h każda) 4.Możliwości zastosowań narzędzi bioinformatycznych w filogenetyce – analiza struktury DNA, RNA oraz białek (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda). 5.Zaliczenie (1,5h) |
||
| Literatura: |
1. "Bioinformatyka : podręcznik do analizy genów i białek" pod red. A. D. Baxevanisa i B. F. F. Ouellette'a 2. "Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P.Higgs, T.Attwood 3. Literatura uzupełniająca dołączona do programów znajdująca się na stronach internetowych |
||
| Efekty uczenia się: |
WIEDZA − absolwent zna i rozumie: H.1s.INF.SM.HZOBY_W01 pojęcie polimorfizmu oraz potencjalnego wpływu na białka BIOI2_W07 R H.1s.INF.SM.HZOBY_W02 reakcję sekwencjonowania SANGERA oraz sekwencjonowania całogenomowego organizmów BIOI2_W01 R H.1s.INF.SM.HZOBY_W03 zależności między układami oraz wpływ zmiany w ilości ekspresji białka na organizm BIOI2_W09 R UMIEJĘTNOŚCI − absolwent potrafi: H.1s.INF.SM.HZOBY_U01 wykorzystać narzędzia bioinformatyczne do oceny przydatności danej zmiany w hodowli BIOI2_U1 R H.1s.INF.SM.HZOBY_U02 posługiwać się językiem obcym pozwalającym na zrozumienie budowy, funkcjonowania i treści zawartych w bazach danych BIOI2_U11 R KOMPETENCJE SPOŁECZNE − absolwent: H.1s.INF.SM.HZOBY_K01 zdaje sobie sprawę z ciągłego postępu w adnotacjach polimorfizmów oraz postępu w sposobie ich identyfikacji/ analizy BIOI2_K01 R H.1s.INF.SM.HZOBY_K02 współpracuje z hodowcami pomagając zrozumieć im możliwości aplikacyjne identyfikowanych panelów polimorfizmów BIOI2_K08 R |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Wykłady:Test zaliczeniowy złożony z pytań otwartych oraz pytań jednokrotnego wyboru Student aby uzyskać zaliczenie musi mieć 65% odpowiedzi prawidłowych – ocena dostateczna; 66-75% – ponad dostateczny; 76-85% – dobry; 86-94% - ponad dobry; 95-100% - bardzo dobry Ocena z testu stanowi 60% oceny końcowej. Ćwiczenia: Dwa kolokwia pisemne (80%) oraz prace zaliczeniowe wykonywane podczas zajęć (20%) - Zaliczenie ćwiczeń (zadania wykonywane na ćwiczeniach - poprawne wykonanie analizy bioinformatycznej otrzymanych plików sekwencyjnych). Zaliczenie praktyczne bloków tematycznych będzie polegało na wykonaniu 5 zadań (5 poprawnie wykonanych – b.dobry; 4 poprawnie wykonane –dobry; 3 poprawnie wykonane – dostateczny) |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (zakończony)
| Okres: | 2019-02-25 - 2019-09-30 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin  więcej informacji Wykład, 5 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Łukasz Migdał | |
| Prowadzący grup: | Łukasz Migdał | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.