Diagnostyka molekularna
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | H.1s.DIA.SM.HZOBY |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Diagnostyka molekularna |
Jednostka: | Katedra Żywienia, Biotechnologii Zwierząt i Rybactwa |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Skrócony opis: |
Przedmiot wykłada m. in. rolę genu i genomu jako źródła informacji dla celów diagnostycznych oraz zjawisko polimorfizmu DNA. Student ocenia jakość i ilość izolowanego z materiałów biologicznych gDNA. Zaznajamia się ze zjawiskiem mutacji oraz metodami detekcji mutacji na poziomie DNA. Zapoznaje się z możliwościami zastosowania metody PCR w hodowli zwierząt. Optymalizuje reakcję PCR i praktycznie przeprowadza amplifikację fragmentów wybranych genów i przy zastosowaniu metody RFLP rozpoznaje genotypy zwierząt i interpretuje wyniki analiz laboratoryjnych, identyfikując obecność genów o dużym efekcie. Przeprowadza analizę polimorfizmu loci mikrosatelitarnych w kontekście ustalania pokrewieństwa i badań filogenetycznych. Poznaje metody przesiewowego badania mutacji (SNP) w populacjach zwierzęcych m.in. HRM, PCR-SSCP, TGGE, DGGE |
Pełny opis: |
DNA-krótka historia odkryć. Genom źródłem informacji dla celów diagnostycznych Przypomnienie pojęć biologii: przyczyny i rodzaje mutacji. Detekcja mutacji na poziomie DNA, rodzaje mutacji i skutki mutacji genowych. Diagnostyka molekularna w wykrywaniu chorób genetycznych bydła, owiec, świń koni i ptaków, psów i kotów. Zastosowanie diagnostyki molekularnej w weterynarii. Diagnostyka mikrobiologiczna oparta na analizie materiału genetycznego. Analiza loci mikrosatelitarnych i minisatelitarnych w określaniu pokrewieństwa zwierząt (badania filogenetyczne). Czynniki decydujące o wyborze metody diagnostycznej, klasyfikacja metod, wybór, weryfikacja i walidacja metody. Etapy ewaluacji metod diagnostycznych. Metody pobierania, przechowywania materiału biologicznego, izolacja DNA, zasady oceny, przechowywania i przesyłania wyizolowanego DNA. Metoda PCR, Optymalizacja reakcji z wykorzystaniem gradientu temperatury przyłączania starterów, ocena specyficzności produktu, czynniki warunkujące efektywność reakcji PCR. Analiza sekwencji w programie BLAST. Metoda RFLP. Identyfikacja zmienności metodą PCR-RFLP, zastosowanie jej w wykrywaniu genów o dużym efekcie. Real-time PCR- genotypowanie zwierząt metodą różnicowania alleli AD. Metoda HRM. Elektroforeza w żelu agarozowym. Metody oczyszczania produktu PCR z żelu agarozowego, przygotowanie produktu PCR do sekwencjonowania. Polimorfizm konformacyjny ssDNA –SSCP, MSSCP – możliwości zastosowania w badaniu SNP w populacjach zwierzęcych. Optymalizacja metody. |
Literatura: |
A Avise J.C. Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2008. Biotechnologia Zwierząt pod red. Zwierzchowskiego Wyd. Naukowe PWN; Genomy. Brown, PWN. Genomika bydła i świni pod red. Zwierzchowskiego i Świtońskiego, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2009. Genetyka zwierząt. K. Charon i M. Świtoński |
Efekty uczenia się: |
Wiedza Student ma rozszerzoną wiedzę z zakresu diagnostyki molekularnej w hodowli zwierząt i ma zaawansowaną wiedzę z zakresu genomiki Umiejętności Student posługuje się technikami genetyki molekularnej w identyfikacji nosicielstwa genów warunkujących choroby genetyczne i cechy użytkowe zwierząt Kompetencje społeczne Student potrafi pracować zespołowo przyjmując różne role, rozumie konieczność systematycznej pracy nad projektami, i jest świadomy odpowiedzialności za efekty pracy zespołu ma świadomość konieczności postępowania zgodnie z zasadami etyki w pracy zawodowej i społecznej |
Metody i kryteria oceniania: |
zaliczenie i egzamin pisemny |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.