Analiza i diagnostyka mikrobiologiczna

Celem nauczania jest zaznajomienie studentów z praktyczną praca analityczną i diagnostyczną w różnych specjalistycznych laboratoriach mikrobiologicznych. Studenci zostaną zaznajomieni z najnowszymi metodami z zakresu genetyki i biologii molekularnej stosowanych w taksonomiczno-diagnostycznych pracach analitycznych. Zaprezentuje się metody wykrywania różnych ważnych grup drobnoustrojów pożytecznych i szkodliwych. Studenci poznają metody kierowania i analizowania przebiegu procesów technologicznych w produkcji różnych produktów, w których zostaną wykorzystane właściwości drobnoustrojów. Zostaną także zaznajomieni z wykonywaniem specjalistycznych badań mikrobiologicznych materiału medycznego i środowiskowego. Przedstawione zostaną sposoby weryfikacji, a także interpretacji wyników badań i analiz mikrobiologicznych badanego materiału wykonanych zgodnie z regulacjami prawnymi zawartymi w Ustawach i Rozporządzeniach RP oraz Normach Polskich i Normach Unii Europejskiej.

WYKŁADY:

1: Warunki pracy w laboratoriach mikrobiologicznych. Grupy ryzyka mikro-biologicznego.Metody zabezpieczania i unieszkodliwiania materiału biologicznego.Dobra technika mikrobiologiczna (DTM). Certyfikaty jakości, kontrola jakości, powtarzalność wyników, weryfikacja wyników.

2: Czynniki środowiskowe warunkujące występowanie i rozwój drobnoustrojów w różnych surowcach, półproduktach i wyrobach gotowych. Źródła zakażeń – wirusami, bakteriami i grzybami. Badania na nosicielstwo (bakterii, wirusów i pasożytów).

3: Pobór próbek do badań mikrobiologicznych, ich transport i przechowywanie. Metody hodowli drobnoustrojów do celów diagnostycznych i analitycznych oraz produkcyjnych.

4: Metody oznaczania liczby i biomasy drobnoustrojów. Metody bezpośrednie i metody pośrednie. Szybkie metody określania liczby drobnoustrojów, testy diagnostyczne np. API 20E., aparatura diagnostyczna (BioMerieu, Merck).

5: Powietrze jako źródło mikroflory; czynniki warunkujące skład aerozoli biologicznych. Metody badań stopnia zanieczyszczenia mikrobiologicznego powietrza.

6: Mikroflora wody. Metody analizy mikrobiologicznej wody: metody standardowe i metody z zastosowaniem pożywek nowej generacji. Wymagania mikrobiologiczne dla wody jako surowca produkcyjnego w przemyśle farmaceutycznym, spożywczym, rolnictwie i gospodarstwie domowym.

7: Źródła zagrożeń mikrobiologicznych w przemyśle.Higiena personelu produkcyjnego. Analiza sanitarno-higieniczna czystości cyklu produkcyjnego (System HACCP).

8: Mikrobiologiczne metody badania materiału klinicznego (krew, mocz oraz wymazy z gardła, nosa, ucha, pochwy, mikroflora i pasożyty w kale).

9: Przyczyny powstawania oporność drobnoustrojów na leki. Oznaczanie antybiotykooporności bakterii dla celów medycznych.

10: Procedury standardowe przy oznaczaniu przynależności systematycznej drobnoustrojów wyizolowanych z materiału środowiskowego i medycznego.

11: Mikroflora pomieszczeń mieszkalnych, produkcyjnych i inwentarskich ze specjalnym uwzględnieniem występowania w nich bakterii i grzybów.

12: Systematyka drobnoustrojów. Klucze diagnostyczne dla bakterii, promieniowców i grzybów.

13: Wykorzystanie najnowszych zdobyczy wiedzy z zakresu genetyki drobnoustrojów do oznaczania ich przynależności systematycznej. PCR – możliwości zastosowania w diagnostyce mikrobiologicznej.

14: Broń biologiczna. Źródła i przyczyny zagrożeń ze strony terrorystów. Bioterroryzm i agroterroryzm. Podstawy szybkiej diagnostyki skażenia bioterrorystycznego.

15: Procedury ustanawiania oraz sposoby korzystania i postępowania z Normami Polskimi, Normami Unii Europejskiej.

Ćwiczenia:

1.Podstawowe metody stosowane w analizie mikrobiologicznej. Zalecenia ogólne i pobór próbek do badań mikrobiologicznych.

2.Analiza mikrobiologiczna produktów spożywczych. Ocena bakterioskopowa czystości mięsa.

3.Analiza mikrobiologiczna produktów spożywczych metodą rozcieńczeń (mleko, sery, mąka, soki, - do wyboru tak aby nie powtarzać się z mikrob. przemysłową)

4.Odczyt analiz i interpretacja wyników

5.Analiza mikrobiologiczna wód o różnym przeznaczeniu zgodnie z zaleceniami Unii Europejskiej. Wykrywanie bakteriofagów w wodzie i osadach ściekowych.

6.Szczegółowa diagnostyka bakterii i promieniowców. Oznaczanie przynależności systematycznej bakterii wyizolowanych z materiału środowiskowego.

7.Diagnostyka bakterii - cd

8.Mikroflora pomieszczeń. Ocena stopnia zagrzybienia budynków na podstawie czystości powietrza oraz badań próbek elementów konstrukcyjnych i podłóż gruntowych. Podstawy diagnostyki grzybów.

9.Oznaczanie przynależności systematycznej grzybów pleśniowych wyizolowanych z różnych środowisk.

10.Czystość mikrobiologiczna produktów chemii gospodarczej, tj. środków czystości i kosmetyków. Ocena czystości mikrobiologicznej: pasty do zębów, kremów i kosmetyków kolorowych.

11,12,13,14.Mikrobiologia i diagnostyka medyczna i weterynaryjna.

15.Zaliczenie ćwiczeń

1.

1. Szewczyk E.M: Diagnostyka bakteriologiczna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005

2. Dembińska-Kieć A., Naskalski J.W.: Diagnostyka Laboratoryjne. Urban & Partner, Wrocław, 2002

3. Salyers A.A., Whitt D.D.: Mikrobiologia - różnorodność, chorobotwórczość i środowisko. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2003

Wiedza

1. Student posiada ogólną wiedzę z zakresu analizy mikrobiologicznej i podstawowe wiadomości z zakresu diagnostyki laboratoryjnej

2. Zna podstawowe zasady postępowania z materiałem zawierającym drobnoustroje - w tym z materiałem klinicznym.

Umiejętności

1) Potrafi wyszukać odpowiednie rozporządzenia oraz normy i w oparciu o nie dobrać metodę badawczą do analizowanego materiału

2) Samodzielnie posługuje się aparaturą i sprzętem laboratoryjnym

3) Student potrafi wykonać podstawowe mikrobiologiczne analizy ilościowe i jakościowe różnych próbek oraz zinterpretować uzyskane wyniki.

Kompetencje społeczne

1.Organizuje pracę w małym laboratorium celem wykonania podstawowych analiz ilościowych

2.Wykorzystuje zdobytą wiedzę z zakresu analizy mikrobiologicznej i potrafi ją połączyć z innymi dyscyplinami naukowymi, takimi jak: biologia molekularna, genetyka czy biotechnologia.

Egzamin pisemny testowy (test wyboru-30 pytań, 120 odpowiedzi, ale tylko 30 poprawnych). Udział oceny z zaliczenia wykładów w ocenie końcowej wynosi 50 %.

Warunkiem uzyskania zaliczenia z ćwiczeń jest obecność i czynny udział w zajęciach laboratoryjnych. Na bieżąco oceniane są umiejętności praktyczne studenta oraz - na koniec zajęć - wiedza teoretyczna, test jednokrotnego wyboru lub ustne zaliczenie przedmiotu. Udział oceny z zaliczenia ćwiczeń w ocenie końcowej wynosi 50 %.