Mechanizmy regulacji ekspresji genów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	B.3s.MRG.SI.BBTSX
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Mechanizmy regulacji ekspresji genów
Jednostka:	Katedra Fizjologii, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy:	Biotechnologia, 3 sem. stacjonarne, obowiązkowe
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Skrócony opis:	Na wykładach przedstawione zostaną podstawowe informacje dotyczące znaczenia informacji epigenetycznej dla kształtowania cech fenotypowych. Studenci zapoznają się z mechanizmami oraz przykładami regulacji ekspresji genów na różnych poziomach i u różnych grup organizmów, przede wszystkim w aspektach sterowania rozwojem oraz reakcji na bodźce środowiskowe. W części praktycznej studenci zostaną zapoznani z podstawową ilościową techniką badania poziomu transkryptu – techniką ilościowego PCR (real-time PCR) Taq-MAN-MGB na przykładzie badania wpływu remodelingu chromatyny na poziom akumulacji transkryptu wybranych genów.
Pełny opis:	Wykłady: Genetyczna i epigenetyczna kontrola fenotypu, poziomy regulacji ekspresji genów u Procaryota i Eucaryota Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: przebieg transkrypcji z udziałem polimerazy II u Eucaryota Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Czynniki transkrypcyjne Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Rola oddalonych sekwencji DNA oraz zmiana miejsca inicjacji transkrypcji Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Rola oddalonych sekwencji DNA i architektury chromatyny. Miejsca wiązania nukleoszkieletu (MARs) a wyciszanie genów Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Modyfikacje histonów i remodeling chromatyny w regulacji ekspresji genów Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Transkrypcja z udziałem polimeraz I i III, kontrola transkrypcji genów mitochondrialnych i plastydowych Potranskrypcyjna kontrola ekspresji genów: Alternatywna obróbka RNA: splicing i redagowanie Potranskrypcyjna kontrola ekspresji genów: Formowanie końca 3’, transport i trwałość RNA Wyciszanie genów Modyfikacje potranslacyjne Modyfikacje czasu życia białka Ćwiczenia: Zasada metody real-time PCR, zasady projektowania starterów i sond, projektowanie Izolacja mRNA z tkanek roślinnych, synteza komplementarnego cDNA na matrycy RNA oraz eliminacja z roztworu mRNA zanieczyszczeń genomowym DNA Reakcja PCR w czasie rzeczywistym - oznaczenie względne ekspresji genów (Relative Quantification) Analiza i interpretacja wyników - odczyty z krzywych standardowych oraz normalizacja ekspresji względem kontroli endogennej, interpretacja biologiczna obserwowanych zjawisk
Literatura:	Podstawowa: Materiały udostępnione przez wykładowcę. Brown T.A. „Genomy”. PWN Warszawa 2012. Wojtaszek P., Woźny A., Ratajczak L. 2012. Biologia komórki roślinnej. Tom II. Funkcja. PWN, Warszawa. Uzupełniająca: Bates A.D., McLennan A.G., Szweykowska-Kulińska Z., Turner P.C., White M.R.H. „Biologia molekularna- krótkie wykłady”. PWN Warszawa 2007. Lack A.J., Evans D.E. "Biologia roślin. Krótkie wykłady" - Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
Efekty uczenia się:	WIEDZA - absolwent zna i rozumie: - mechanizmy kontroli wyrażania cech genotypowych w fenotypie - technikę ilościowego PCR w badaniu regulacji poziomu transkryptu UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi: - analizować ekspresję genów techniką ilościowego PCR KOMPETENCJE SPOŁECZNE - absolwent jest gotów do: - oceny postępu wiedzy w zakresie mechanizmów kontroli ekspresji genów i ich znaczenia dla postępu biotechnologii - współdziałania i pracy w grupie
Metody i kryteria oceniania:	Wykłady: test jednokrotnego wyboru (70%) Ćwiczenia: projekt, wykonanie i opisanie rezultatów eksperymentu praktycznego (30%)
Praktyki zawodowe:	brak

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.