Analiza genomu
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | B.2s.ANG.SM.BBTSA | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Analiza genomu | ||
| Jednostka: | Katedra Biologii Roślin i Biotechnologii | ||
| Grupy: |
Analityka biotechnologiczna II stopień, 2 sem. obowiązkowe |
||
| Punkty ECTS i inne: |
3.00  |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zapoznanie studentów z etapami analizy danych dotyczących sekwencji genomowego DNA, zwłaszcza w kontekście możliwości oferowanych przez platformy sekwencjonowania następnej generacji, a także przedstawienie wybranych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie strukturalnej i porównawczej genomów. Przystąpienie do zajęć wymaga wcześniejszego zaliczenia kursów z zakresu genetyki molekularnej i podstaw genomiki roślin. |
||
| Pełny opis: |
Tematyka wykładów: - Sekwencjonowanie DNA (techniki następnej generacji), resekwencjonowanie genomów, wysokowydajne techniki genotypowania (SNP, SSR) - RNAseq jako wysokowydajna technologia analizy transkryptomu - Analiza genomowego DNA: adnotacja, bazy danych, maskowanie sekwencji repetytywnych, analiza porównawcza - Rola RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów Tematyka ćwiczeń: - Analiza sekwencji DNA, konstruowanie kontigów, dopasowanie sekwencji, charakterystyka strukturalna i porównawcza - Eksploracja baz danych sekwencji kwasów nukleinowych i białek - Eksploracja baz danych sekwencji repetytywnych, maskowanie genomu - Przeglądarki genomowe (genome browsers) |
||
| Literatura: |
Podstawowa: Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Brown T.A. 2009. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Uzupełniająca: Artykuły naukowe na temat resekwencjonowania i analizy porównawczej genomów organizmów eukariotycznych (Human Genome Project, Arabidopsis 1001 Genomes, etc.) |
||
| Efekty uczenia się: |
WIEDZA - absolwent zna i rozumie: - technologie sekwencjonowania DNA - wysokowydajne techniki genotypowania - etapy adnotacji genomu oraz narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich realizację - rolę RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi: - wykorzystywać publicznie dostępne narzędzia bioinformatyczne pozwalające na analizę genomu - eksplorować bazy danych sekwencji DNA i białek online - interpretować wyniki prostych eksperymentów in silico |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Zaliczenie ćwiczeń: Pisemny raport (100%) Egzamin: Prezentacja ustna (40%) Test jednokrotnego wyboru (60%) |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/2018" (zakończony)
| Okres: | 2017-10-01 - 2018-02-25 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin  więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Dariusz Grzebelus | |
| Prowadzący grup: | Małgorzata Czernicka, Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę Wykład - Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/2019" (zakończony)
| Okres: | 2018-10-01 - 2019-02-24 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Dariusz Grzebelus | |
| Prowadzący grup: | Małgorzata Czernicka, Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę Wykład - Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (zakończony)
| Okres: | 2019-10-01 - 2020-02-23 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Dariusz Grzebelus | |
| Prowadzący grup: | Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni, Katarzyna Stelmach | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę Wykład - Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.