Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Analiza genomu

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.2s.ANG.SM.BBTSA Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Analiza genomu
Jednostka: Katedra Biologii Roślin i Biotechnologii
Grupy: Analityka biotechnologiczna II stopień, 2 sem. obowiązkowe
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z etapami analizy danych dotyczących sekwencji genomowego DNA, zwłaszcza w kontekście możliwości oferowanych przez platformy sekwencjonowania następnej generacji, a także przedstawienie wybranych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie strukturalnej i porównawczej genomów. Przystąpienie do zajęć wymaga wcześniejszego zaliczenia kursów z zakresu genetyki molekularnej i podstaw genomiki roślin.

Pełny opis:

Tematyka wykładów:

- Sekwencjonowanie DNA (techniki następnej generacji), resekwencjonowanie genomów, wysokowydajne techniki genotypowania (SNP, SSR)

- RNAseq jako wysokowydajna technologia analizy transkryptomu

- Analiza genomowego DNA: adnotacja, bazy danych, maskowanie sekwencji repetytywnych, analiza porównawcza

- Rola RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów

Tematyka ćwiczeń:

- Analiza sekwencji DNA, konstruowanie kontigów, dopasowanie sekwencji, charakterystyka strukturalna i porównawcza

- Eksploracja baz danych sekwencji kwasów nukleinowych i białek

- Eksploracja baz danych sekwencji repetytywnych, maskowanie genomu

- Przeglądarki genomowe (genome browsers)

Literatura:

Podstawowa:

Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Brown T.A. 2009. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Uzupełniająca:

Artykuły naukowe na temat resekwencjonowania i analizy porównawczej genomów organizmów eukariotycznych (Human Genome Project, Arabidopsis 1001 Genomes, etc.)

Efekty uczenia się:

WIEDZA - absolwent zna i rozumie:

- technologie sekwencjonowania DNA

- wysokowydajne techniki genotypowania

- etapy adnotacji genomu oraz narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich realizację

- rolę RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów

UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi:

- wykorzystywać publicznie dostępne narzędzia bioinformatyczne pozwalające na analizę genomu

- eksplorować bazy danych sekwencji DNA i białek online

- interpretować wyniki prostych eksperymentów in silico

Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie ćwiczeń:

Pisemny raport (100%)

Egzamin:

Prezentacja ustna (40%)

Test jednokrotnego wyboru (60%)

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/2018" (zakończony)

Okres: 2017-10-01 - 2018-02-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Dariusz Grzebelus
Prowadzący grup: Małgorzata Czernicka, Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Dariusz Grzebelus
Prowadzący grup: Małgorzata Czernicka, Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-23
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Dariusz Grzebelus
Prowadzący grup: Dariusz Grzebelus, Alicja Macko-Podgórni, Katarzyna Stelmach
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia laboratoryjne - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.