Analiza genomu
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | B.2s.ANG.SM.BBTSA |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Analiza genomu |
Jednostka: | Katedra Biologii Roślin i Biotechnologii |
Grupy: |
Analityka biotechnologiczna II stopień, 2 sem. obowiązkowe |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zapoznanie studentów z etapami analizy danych dotyczących sekwencji genomowego DNA, zwłaszcza w kontekście możliwości oferowanych przez platformy sekwencjonowania następnej generacji, a także przedstawienie wybranych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie strukturalnej i porównawczej genomów. Przystąpienie do zajęć wymaga wcześniejszego zaliczenia kursów z zakresu genetyki molekularnej i podstaw genomiki roślin. |
Pełny opis: |
Tematyka wykładów: - Sekwencjonowanie DNA (techniki następnej generacji), resekwencjonowanie genomów, wysokowydajne techniki genotypowania (SNP, SSR) - RNAseq jako wysokowydajna technologia analizy transkryptomu - Analiza genomowego DNA: adnotacja, bazy danych, maskowanie sekwencji repetytywnych, analiza porównawcza - Rola RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów Tematyka ćwiczeń: - Analiza sekwencji DNA, konstruowanie kontigów, dopasowanie sekwencji, charakterystyka strukturalna i porównawcza - Eksploracja baz danych sekwencji kwasów nukleinowych i białek - Eksploracja baz danych sekwencji repetytywnych, maskowanie genomu - Przeglądarki genomowe (genome browsers) |
Literatura: |
Podstawowa: Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Brown T.A. 2009. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Uzupełniająca: Artykuły naukowe na temat resekwencjonowania i analizy porównawczej genomów organizmów eukariotycznych (Human Genome Project, Arabidopsis 1001 Genomes, etc.) |
Efekty uczenia się: |
WIEDZA - absolwent zna i rozumie: - technologie sekwencjonowania DNA - wysokowydajne techniki genotypowania - etapy adnotacji genomu oraz narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich realizację - rolę RNA w regulacji ekspresji i remodelowaniu genomów UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi: - wykorzystywać publicznie dostępne narzędzia bioinformatyczne pozwalające na analizę genomu - eksplorować bazy danych sekwencji DNA i białek online - interpretować wyniki prostych eksperymentów in silico |
Metody i kryteria oceniania: |
Zaliczenie ćwiczeń: Pisemny raport (100%) Egzamin: Prezentacja ustna (40%) Test jednokrotnego wyboru (60%) |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.