Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Metody badania ekspresji genów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.1s.MBE.SM.BBTSA
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Metody badania ekspresji genów
Jednostka: Katedra Fizjologii Roślin
Grupy: Analityka biotechnologiczna II stopień, 1 sem. obowiązkowe
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Badanie ekspresji genów, czyli ujawniania się genotypu w fenotypie stanowić zaczyna coraz ważniejsze narzędzie badawcze i diagnostyczne. Wykłady z przedmiotu zapoznają studentów z aktualnie stosowanymi metodami badania ekspresji genów ich zaletami i wadami oraz ich podstawowymi aplikacjami. Pod uwagę wzięte będą zagadnienia związane z badaniem transkryptów/transkryptomu lecz również metodami badania produktów translacji/proteomu, metabolomu oraz specyficzne zagadnienia dotyczące badań mikro RNA i wyciszania genów. Od strony praktycznej studenci zapoznani zostaną z najpowszechniejszymi metodami badania ekspresji genów, głównie techniką PCR w czasie rzeczywistym oraz blotingami. Ćwiczenia obejmują zapoznanie się z kilkoma technikami badawczymi: hybrydyzacją northern, western, DD-PCR oraz Real Time PCR.

Pełny opis:

Wykłady:

Znaczenie badań ekspresji genów, poziomy ekspresji oraz informatywność uzyskanych na nich wyników

Techniki badania zmian w poziomie transkryptu: prawidłowe układy eksperymentalne, izolacja RNA

Techniki badania zmian w poziomie transkryptu: northern blotting

Techniki badania zmian w poziomie transkryptu: RT-PCR klasyczny i w czasie rzeczywistym

Techniki badania zmian w poziomie transkryptu: metody badania ekspresji różnicowej (DD-PCR, SSH), SAGE

Techniki sekwencjonowania w analizie transkryptomu

Mikromacierze w analizie ekspresji genów

Techniki analizy mikro RNA

Techniki badania zmian w poziomie produktu translacji: western blotting, analiza proteomu

Analiza modyfikacji potranslacyjnych, aktywności funkcjonalnej białek oraz analiza metabolomu

Ćwiczenia:

Technika RT-PCR w czasie rzeczywistym: Izolacja mRNA z tkanek - specyfika pracy z RNA, stabilizacja profilu ekspresji genów po pobraniu prób

Technika RT-PCR w czasie rzeczywistym: Odwrotna transkrypcja, oczyszczanie cDNA

Technika RT-PCR w czasie rzeczywistym: Projektowanie starterów i sond do reakcji Real-Time PCR - źródła informacji sekwencyjnej, bazy danych sekwencji nukleotydowych, walidacja sekwencji, wykorzystanie oprogramowania do projektowania starterów i sond (Primer Express, File Builder)

Technika RT-PCR w czasie rzeczywistym: Reakcja PCR w czasie rzeczywistym - oznaczenie względne ekspresji (Relative Quantification) z wykorzystaniem fluoroforu SybrGreen, wykorzystanie oprogramowania 7500 System SDS Software.

Analiza i interpretacja wyników - odczyty z krzywych standardowych, porównanie różnych technik obliczania poziomu ekspresji, analiza stabilności potencjalnych genów referencyjnych oraz normalizacja ekspresji względem kontroli endogennej, interpretacja biologiczna obserwowanych zjawisk.

Hybrydyzacja Western

DD-PCR

Hybrydyzacja Northern

Literatura:

Materiały udostępniane przez prowadzącego zajęcia

Wojtaszek P., Ratajczak T., Woźny A., Biologia komórki roślinnej, tom. 2 - Funkcja. PWN Warszawa 2016.

Brown T.A., Genomy, PWN Warszawa 2013

Efekty uczenia się:

WIEDZA - absolwent zna i rozumie:

- techniki badania ekspresji genów na różnych poziomach, ich możliwości i ograniczenia

UMIEJĘTNOŚCI - absolwent potrafi:

- posługiwać się techniką hybrydyzacji Northern

- posługiwać się techniką ilościowego PCR oraz stosować odpowiednie dla tej metody narzędzia bioinformatyczne w planowaniu eksperymentów i analizie wyników

- posługiwać się techniką DD-PCR

- posługiwania się techniką hybrydyzacji Western

KOMPETENCJE SPOŁECZNE - absolwent jest gotów do:

- nadążania za postępem wiedzy z zakresu metod badania ekspresji genów

- krytycznej analizy przydatności i ograniczeń różnych metod badania ekspresji genów

Metody i kryteria oceniania:

Wykłady: test jednokrotnego wyboru (70%)

Ćwiczenia: projekt, wykonanie i opisanie rezultatów eksperymentu praktycznych (30%)

Praktyki zawodowe:

brak

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)