Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Podstawy genomiki roślin

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: O.ZGH.PGER7.SI.OOGBY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Podstawy genomiki roślin
Jednostka: Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: (brak danych)
Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z aktualnym stanem wiedzy w zakresie analizy struktury i funkcji genomów roślinnych oraz omówienie narzędzi badawczych wykorzystywanych w laboratoriach zajmujących się analizą genomu. Zajęcia obejmują trzy bloki tematyczne prezentujące zagadnienia z zakresu genomiki strukturalnej, genomiki funkcjonalnej i genomiki porównawczej. Szczególny nacisk jest położony na bieżące zagadnienia badawcze z zakresu genomiki roślin wyższych.

Pełny opis:

Definicja genomiki, genomika strukturalna, genomika porównawcza, genomika funkcjonalna

Genomika strukturalna: mapy genetyczne a mapy fizyczne

Molekularna struktura genomu: sekwencje kodujące i niekodujące, centromery, telomery, powtórzenia tandemowe i rozproszone

Genomika funkcjonalna: identyfikacja sekwencji kodujących, ‘forward genetics’ i ‘reverse genetics’, analiza funkcji genu poprzez mutagenezę

Genomika porównawcza: różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, ewolucja genomów roślinnych

Bazy danych sekwencyjnych (GenBank), poszukiwanie sekwencji homologicznych (BLAST search)

Analiza sekwencji DNA in silico (narzędzia pozwalające na identyfikację otwartych ramek odczytu (ORF), intronów, rejonów promotorowych, itp.)

Wprowadzenie do pracy z edytorem sekwencji DNA BioEdit – podstawowe funkcje

Literatura:

1. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

2. Brown T.A. 2001. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa

Efekty uczenia się:

Wiedza:

Definiuje problematykę badawczą w obszarach genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej

Opisuje strukturę genomu organizmów eukariotycznych

Wyjaśnia założenia metod identyfikacji rejonów kodujących i ich funkcji

Prezentuje podstawowe zagadnienia dotyczące ewolucji genomów

Umiejętności:

Stosuje podstawowe narzędzia bioinformatyczne do analizy sekwencji DNA

Interpretuje wyniki analiz bioinformatycznych

Wykorzystuje zasoby internetowe online

Przygotowuje prace pisemne z zakresu genomiki roślin

Metody i kryteria oceniania:

707 test jednokrotnego wyboru

711 rozwiązanie zadania problemowego, analiza przypadku

203 zaliczenie raportu/sprawozdania z prac laboratoryjnych/ćwiczeń praktycznych (indywidualne, grupowe)

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.