Podstawy genomiki roślin
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | O.ZGH.PGER7.SI.OOGBY | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Podstawy genomiki roślin | ||
| Jednostka: | Zakład Genetyki, Hodowli Roślin i Nasiennictwa | ||
| Grupy: | |||
| Punkty ECTS i inne: |
(brak)
  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | (brak danych) | ||
| Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zapoznanie studentów z aktualnym stanem wiedzy w zakresie analizy struktury i funkcji genomów roślinnych oraz omówienie narzędzi badawczych wykorzystywanych w laboratoriach zajmujących się analizą genomu. Zajęcia obejmują trzy bloki tematyczne prezentujące zagadnienia z zakresu genomiki strukturalnej, genomiki funkcjonalnej i genomiki porównawczej. Szczególny nacisk jest położony na bieżące zagadnienia badawcze z zakresu genomiki roślin wyższych. |
||
| Pełny opis: |
Definicja genomiki, genomika strukturalna, genomika porównawcza, genomika funkcjonalna Genomika strukturalna: mapy genetyczne a mapy fizyczne Molekularna struktura genomu: sekwencje kodujące i niekodujące, centromery, telomery, powtórzenia tandemowe i rozproszone Genomika funkcjonalna: identyfikacja sekwencji kodujących, ‘forward genetics’ i ‘reverse genetics’, analiza funkcji genu poprzez mutagenezę Genomika porównawcza: różnicowanie genomów, ewolucyjne aspekty genomiki, ewolucja genomów roślinnych Bazy danych sekwencyjnych (GenBank), poszukiwanie sekwencji homologicznych (BLAST search) Analiza sekwencji DNA in silico (narzędzia pozwalające na identyfikację otwartych ramek odczytu (ORF), intronów, rejonów promotorowych, itp.) Wprowadzenie do pracy z edytorem sekwencji DNA BioEdit – podstawowe funkcje |
||
| Literatura: |
1. Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. (red.) 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2. Brown T.A. 2001. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa |
||
| Efekty uczenia się: |
Wiedza: Definiuje problematykę badawczą w obszarach genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej Opisuje strukturę genomu organizmów eukariotycznych Wyjaśnia założenia metod identyfikacji rejonów kodujących i ich funkcji Prezentuje podstawowe zagadnienia dotyczące ewolucji genomów Umiejętności: Stosuje podstawowe narzędzia bioinformatyczne do analizy sekwencji DNA Interpretuje wyniki analiz bioinformatycznych Wykorzystuje zasoby internetowe online Przygotowuje prace pisemne z zakresu genomiki roślin |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
707 test jednokrotnego wyboru 711 rozwiązanie zadania problemowego, analiza przypadku 203 zaliczenie raportu/sprawozdania z prac laboratoryjnych/ćwiczeń praktycznych (indywidualne, grupowe) |
||
| |||||
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.