Genetyka drobnoustrojów
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | O.F3.GED.SI.OBTSZ |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Genetyka drobnoustrojów |
Jednostka: | Katedra Mikrobiologii i Biomonitoringu |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
4.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Skrócony opis: |
Przedmiot uzupełniający - fakultatywny, 3 semestr studiów Wymagania wstępne: ukończony kurs podstawowy z mikrobiologii Genetyka drobnoustrojów jest bardzo dynamicznie rozwijającą się gałęzią współczesnej mikrobiologii. Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z kluczowymi zagadnieniami funkcjonowania drobnoustrojów na poziomie genetycznym. |
Pełny opis: |
Odczyt reakcji elektroforezy - genotypowanie, opis zdjęcia i stworzenie matrycy binarnej na podstawie odczytu wyników Odczyt i porównanie wyników reakcji sekwencjonowania, ocena poprawności i skorygowanie chromatogramu Zapis sekwencji w formacie FASTA, identyfikacja mikroorganizmów poprzez porównanie sekwencji z internetową bazą danych GenBank - BLAST Wyszukiwanie sekwencji pokrewnych w internetowej bazie sekwencji, przyrównywanie sekwencji parami i wielokrotne Konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie przyrównanych sekwencji, analiza wiarygodności drzewa Przygotowanie danych binarnych w formatach wykorzystywanych przez różne programy bioinformatyczne Konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie danych binarnych Analiza haplotypów Tematyka zajęć: Wykłady - 15 godz. 1. Struktura genomu bakteryjnego i jego replikacja 2. Zmienność drobnoustrojów: rekombinacyjna oraz mutacyjna. Mechanizmy naprawy uszkodzeń DNA bakteryjnego 3. Ekspresja genów u prokariontów i globalne systemy regulacji ekspresji ich genów 4. Ruchome elementy genetyczne u bakterii 5. Morfologia drobnoustrojów (Archebacteria, Procaryota, Eucaryota) 6. Mechanizmy horyzontalnego transferu genów oraz ich znaczenie dla ewolucji prokariontów 7. Modyfikacje genetyczne mikroorganizmów oraz znaczenie transgenicznych drobnoustrojów 8. Genomy bakteriofagów i ich replikacja oraz ekspresja genów wirusowych Ćwiczenia - 15 godz. 1. Odczyt reakcji elektroforezy - genotypowanie, opis zdjęcia i stworzenie matrycy binarnej na podstawie odczytu wyników 2. Odczyt i porównanie wyników reakcji sekwencjonowania, ocena poprawności i skorygowanie chromatogramu 3. Zapis sekwencji w formacie FASTA, identyfikacja mikroorganizmów poprzez porównanie sekwencji z internetową bazą danych GenBank - BLAST 4. Wyszukiwanie sekwencji pokrewnych w internetowej bazie sekwencji, przyrównywanie sekwencji parami i wielokrotne 5. Konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie przyrównanych sekwencji, analiza wiarygodności drzewa 6. Przygotowanie danych binarnych w formatach wykorzystywanych przez różne programy bioinformatyczne 7. Konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie danych binarnych 8. Analiza haplotypów |
Literatura: |
Podstawowa: Baj J., Markiewicz Z. 2019. Biologia Molekularna Bakterii. PWN, Warszawa Hall B.G. 2008. Łatwe drzewa filogenetyczne. PWN, Warszawa Uzupełniająca: Turner P.C., McLennan A.G., Bates A.D., White M.R.H. 2008. Biologia molekularna - krótkie wykłady. PWN, Warszawa |
Efekty uczenia się: |
Wiedza - student zna i rozumie: - mechanizmy genetyczne drobnoustrojów - porównanie różnych genomów drobnoustrojów - przykłady transfru genów w świecie drobnoustrojów - rolę mechanizmów genetycznych dla funkcjonowania i ewolucji drobnoustrojów - podstawowe metody stosowane w analizie molekularnej drobnoustrojów - sposób korzystania z podstawowych programów bioinformatycznych i internetowych baz sekwencji - metody szacowania relacji filogenetycznych i związków ekologicznych - metody oceny wiarygodności drzew filogenetycznych Umiejętności - student potrafi: - odczytać reakcję elektroforezy i ocenić wielkość powstałego produktu oraz stworzyć matrycę binarną bazując na odczycie elektroforezy z reakcji genotypowania - rozpoznać prawidłowy chromatogram reakcji sekwencjonowania i odczytać z niego sekwencję fragmentu genomu, a także zidentyfikować drobnoustrój porównując odczytaną przez siebie sekwencję z bazą danych sekwencji - dokonać przyrównania sekwencji mikroorganizmów, obliczyć dystans genetyczny na podstawie matryc binarnych i przedstawić relacje między badanymi mikroorganizmami w postaci drzew filogenetycznych - korzystać z programów bioinformatycznych - przedstawić dane (np. sekwencje, dane binarne) w postaci formatów odpowiadających wybranym programom bioinformatycznym Kompetencje społeczne - student jest gotów do: - przekazywania innym swojej pogłębionej wiedzy na temat mechanizmów genetycznych zachodzących w komórkach droboustrojów - świadomego zastosowania zasad postępowania z mikroorganizmami modyfikowanymi genetycznie - indywidualnej pracy z komputerem i dostępnymi bazami danych oraz programami bioinformatycznymi - uznania znaczenia dokładności i rzetelności pracy związanej z biologią molekularną drobnoustrojów, zarówno na etapie przygotowania, wykonywania badań jak i odczytu uzyskanych wyników |
Metody i kryteria oceniania: |
Wykłady: praca pisemna (50% udziału w ocenie końcowej) Ćwiczenia: sprawdzian umiejętności: wykonanie zadania analitycznego (50%) |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (zakończony)
Okres: | 2021-02-25 - 2021-09-30 |
Przejdź do planu
PN WYK
WT ŚR CWL
CWL
CWL
CZ PT CWL
CWL
|
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Anna Lenart-Boroń | |
Prowadzący grup: | Anna Lenart-Boroń, Katarzyna Wolny-Koładka | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/2022" (zakończony)
Okres: | 2021-10-01 - 2022-02-27 |
Przejdź do planu
PN WT CWL
CWL
CWL
ŚR CWL
CZ WYK
PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Anna Lenart-Boroń | |
Prowadzący grup: | Anna Lenart-Boroń | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/2023" (zakończony)
Okres: | 2022-10-01 - 2023-02-26 |
Przejdź do planu
PN CWL
CWL
WT ŚR CWL
CWL
CZ WYK
PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Anna Lenart-Boroń | |
Prowadzący grup: | Anna Lenart-Boroń | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/2024" (zakończony)
Okres: | 2023-10-01 - 2024-02-25 |
Przejdź do planu
PN CWL
CWL
WT ŚR CWL
CWL
CZ WYK
PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Anna Lenart-Boroń | |
Prowadzący grup: | Anna Lenart-Boroń | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.