Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Mechanizmy regulacji ekspresji genów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: O.3s.MRG.SI.OBTSZ
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Mechanizmy regulacji ekspresji genów
Jednostka: Katedra Fizjologii, Hodowli Roślin i Nasiennictwa
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 2.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Na wykładach przedstawione zostaną podstawowe informacje dotyczące znaczenia informacji epigenetycznej dla kształtowania cech fenotypowych. Studenci zapoznają się z mechanizmami oraz przykładami regulacji ekspresji genów na różnych poziomach i u różnych grup organizmów, przede wszystkim w aspektach sterowania rozwojem oraz reakcji na bodźce środowiskowe. W części praktycznej studenci zostaną zapoznani z podstawową ilościową techniką badania poziomu transkryptu – techniką ilościowego PCR (real-time PCR) Taq-MAN-MGB na przykładzie badania wpływu remodelingu chromatyny na poziom akumulacji transkryptu wybranych genów.

Pełny opis:

Wykłady - tematyka zajęć:

- Genetyczna i epigenetyczna kontrola fenotypu, poziomy regulacji ekspresji genów u Procaryota i Eucaryota - Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: przebieg transkrypcji z udziałem polimerazy II u Eucaryota - Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Czynniki transkrypcyjne

- Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Rola oddalonych sekwencji DNA oraz zmiana miejsca inicjacji transkrypcji - Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Rola oddalonych sekwencji DNA i architektury chromatyny. Miejsca wiązania nukleoszkieletu (MARs) a wyciszanie genów

- Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Modyfikacje histonów i remodeling chromatyny w regulacji ekspresji genów - Mikromacierze w analizie ekspresji genów

- Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów: Transkrypcja z udziałem polimeraz I i III, kontrola transkrypcji genów mitochondrialnych i plastydowych - Potranskrypcyjna kontrola ekspresji genów: Alternatywna obróbka RNA: splicing i redagowanie

- Potranskrypcyjna kontrola ekspresji genów: Formowanie końca 3’, transport i trwałość RNA

- Wyciszanie genów

- Modyfikacje potranslacyjne

- Modyfikacje czasu życia białka

Ćwiczenia - tematyka zajęć:

- Zasada metody real-time PCR, zasady projektowania starterów i sond, projektowanie

- Izolacja mRNA z tkanek roślinnych, synteza komplementarnego cDNA na matrycy RNA oraz eliminacja z roztworu mRNA zanieczyszczeń genomowym DNA

- Reakcja PCR w czasie rzeczywistym - oznaczenie względne ekspresji genów (Relative Quantification) - Analiza i interpretacja wyników - odczyty z krzywych standardowych oraz normalizacja ekspresji względem kontroli endogennej, interpretacja biologiczna obserwowanych zjawisk

Literatura:

Podstawowa:

Materiały udostępniane przez prowadzącego zajęcia

Uzupełniająca:

Wojtaszek P., Ratajczak T., Woźny A., Biologia komórki roślinnej, tom. 2 - Funkcja. PWN Warszawa 2016.

Brown T.A., Genomy, PWN Warszawa 2013

Efekty uczenia się:

Wiedza - zna i rozumie:

- mechanizmy kontroli wyrażania cech genotypowych w fenotypie

- technikę ilościowego PCR w badaniu regulacji poziomu transkryptu

Umiejętności - potrafi:

- analizować ekspresję genów techniką ilościowego PCR

Kompetencje społeczne - jest gotów do:

- oceny szybkości postępu wiedzy w zakresie mechanizmów kontroli ekspresji genów i ich znaczenia dla postępu biotechnologii - współdziałania i pracy w grupie

Metody i kryteria oceniania:

Wykład: test jednokrotnego wyboru (70% udziału w ocenie końcowej)

Ćwiczenia: projekt, wykonanie i opisanie rezultatów eksperymentu (30% udziału w ocenie końcowej)

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/2021" (zakończony)

Okres: 2020-10-01 - 2021-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Barbara Jurczyk
Prowadzący grup: Barbara Jurczyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/2022" (zakończony)

Okres: 2021-10-01 - 2022-02-27
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Barbara Jurczyk
Prowadzący grup: Barbara Jurczyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/2023" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2022-10-01 - 2023-02-26
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Barbara Jurczyk
Prowadzący grup: Barbara Jurczyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 6.8.0.0-4 (2022-09-15)