Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Modelling of Biological Systems

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.ZHBa.MOD9.SM.HBIOY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Modelling of Biological Systems
Jednostka: Katedra Genetyki, Hodowli i Etologii Zwierząt
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 4.00
Język prowadzenia: angielski
Skrócony opis: (tylko po angielsku)

The aim of the course is to demonstrate the applicability of the method of mathematical modeling to solve the problems related to functioning of various biological systems. During the course the basic principles of mathematical modeling and rules of constructing and solving various types of models will be presented. Theoretically - in lectures and practically - through the presentation of specialized software at exercises, students will get knowledge on the possibilities of using modeling and mathematical programming in biotechnology, physiology, parasitology, ecology and agriculture.

Pełny opis: (tylko po angielsku)

Lectures

1. Introduction to mathematical modeling - the rules of model construction

2. Types of mathematical models: mechanistic, empirical, deterministic, stochastic, linear, non-linear, static, dynamic, multi-criteria, optimization, simulation.

3. Solving models by means of mathematical programming - linear, quadratic, dynamic, hierarchical Markov processes.

4. Simulation methods.

5. Artificial neural networks.

6. The examples of using mathematical models in practice, including issues related to biotechnology, physiology, parasitology, ecology, agriculture.

Exercises

1. Multifactorial models of biological systems - computer platform NetLogo.

2. Basics of linear, quadratic and dynamic programming with the extension of hierarchical Markov processes - application of standard software (Solver, Optimization Toolbox MATLAB, MLHMP).

3. Simulation methods - examples based on standard software

(Simulink / MATLAB, SimFlock).

4. Ecological models "predator - prey" - dynamics of population, determination of optimal strategy for management of wild animals, construction of dynamic models using Stella software, application of artificial neural networks.

5. Examples of optimization problems in agriculture, application of modeling and mathematical programming in supporting decisions on optimal structure of farm production, ration formulation, cattle and pig herd management, bull fattening.

Literatura: (tylko po angielsku)

1. Clark C. W., Mangel M. Dynamic State Variable Models in Ecology. Methods and Applications. Oxford University Press, New York, 2000.

2. Dijkhuizen A. A., Morris R. S. Animal Health Economics. Principles and Applications. Post Graduate Foundation in Veterinary Science, University of Sydney, 1997.

3. Kennedy J. O. S.. Dynamic programming. Applications to Agriculture and Natural Resources. Elsevier, London-New York, 1986

Efekty uczenia się: (tylko po angielsku)

Knowledge

Student knows the principles of mathematical modeling method applied in biological sciences

Student selects the appropriate methods and numerical techniques used to get a better insight into the functioning of biological systems or processes

Student describes the examples of simulation and optimization models of biological systems and processes

Skills

Student builds and solves simple models of biological systems and processes

Student verifies the correctness of the assumed modeling methods and interprets the obtained solutions

Student applies standard and specialized computer tools to get a better insight into the functioning of the biological system or process and to support optimal decisions

Social competences

Student is aware of the practical utility of mathematical methods in supporting decisions as well as the need for a critical evaluation of the obtained solutions

Student is able to work in a group on the implementation of tasks that require individual knowledge and creativity

Metody i kryteria oceniania: (tylko po angielsku)

completion of the computational task

completion of the project

written exam

failed <55%

fair 55-60%

plus fair 61-70%

good 71-80%

plus good 81-90 4.5%

very good 5> 90%

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/2018" (zakończony)

Okres: 2018-02-26 - 2018-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Makulska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2019-02-25 - 2019-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Makulska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2020-02-24 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Joanna Makulska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.