Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Zastosowanie programów bioinformatycznych w genetyce molekularnej-practicum

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.ZHB.PRO9.SM.HBIOY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Zastosowanie programów bioinformatycznych w genetyce molekularnej-practicum
Jednostka: Katedra Rozrodu, Anatomii i Genomiki Zwierząt
Grupy: Biologia stosowana elektywy II stopień
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest charakterystyka programów komputerowych wykorzystywanych w biologii molekularnej stanowiących podstawowe narzędzie do wyszukiwania i odczytu sekwencji genów, białek, konstrukcji starterów, tworzenia testów molekularnych, analizy porównawczej genów, transkryptów, genomów oraz filogenetyki.

W ramach przedmiotu student będzie posługiwać się wiedzą z zakresu technik bioinformatycznych, umiejętnościami stosowania programów komputerowych wykorzystywanych w analizach z zakresu genetyki molekularnej, zarówno podczas projektowania doświadczeń jak i podczas obróbki wyników prac laboratoryjnych.

Pełny opis:

Poszukiwanie sekwencji genów w genomowych bazach danych NCBI GenBank, ArkDB, Ensembl

Zastosowanie programu Primer3Plus do konstruowania starterów do reakcji amplifikacji wybranych loci

Projektowanie testów diagnostycznych PCR-RFLP z wykorzystaniem programu RestrictionMarker

Analiza porównawcza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy zastosowaniu metod heurystycznych. Program BLAST

Przewidywanie struktury II i III rzędowych białek na podstawie sekwencji DNA i RNA. Praca z bazą PDB oraz JPred i ExPASy.

Zastosowanie programów komputerowych w analizach filogenetycznych (MSA, STRUCTURE, Phylip, NEIGHBORNET)

Predykcja miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych (program TFBIND)

Analiza QTL, haplodimerów przy zastosowaniu bazy AnimalQTLdb

Analiza UTR genów przy pomocy programu NetUTR

Analiza sekwencji genów na podstawie programu BioEdit

Literatura:

1. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. A.D. Baxevanis, B.F.F. Quellette, PWN, 2005

2. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. P.G. Higgs, T.K. Attwood, PWN, 2008

3. Genomy. T.A. Brown, PWN, 2009

4. Biochemia J.M.Berg, J.L. Tymoczko, L.Stryer, PWN,2005

5. Nauka po prostu. Rożek T. Demart S.A. 2011.

Efekty uczenia się:

umie zastosować odpowiedni program komputerowy do wyszukiwania i odczytu sekwencji genów, białek, konstruowania starterów dla reakcji PCR, potrafi przeprowadzić testy molekularne i analizę porównawczą genów, transkryptów, genomów przy zastosowaniu odpowiedniego programu bioinformatycznego; stosuje programy komputerowe w analizach z zakresu genetyki molekularnej oraz filogenetyki, zarówno podczas projektowania doświadczeń jak i podczas obróbki wyników prac laboratoryjnych.

Rozumie potrzebę i możliwości uczenia się przez całe życie, potrafi kierować i współdziałać w grupie przyjmując w niej różne role, potrafi odpowiednio określić priorytety i zorganizować czas wykonywanych doświadczeń, ma świadomość odpowiedzialności za wspólnie planowane i realizowane zadania. Dostrzega możliwość wykorzystania programów bioinformatycznych w praktyce, ma świadomość konsultacji pomiędzy nauką a praktyką

Metody i kryteria oceniania:

Metoda oceny - rozwiązanie zadania problemowego, analiza przypadku

Kryteria oceny:

Na ocenę 2 <55%

Na ocenę 3 55-60%

Na ocenę 3,5 61-70%

Na ocenę 4 71-80%

Na ocenę 4,5 81-90%

Na ocenę 5 >90%

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/2018" (zakończony)

Okres: 2017-10-01 - 2018-02-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 45 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Andres, Joanna Pokorska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 45 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Andres, Joanna Pokorska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-23
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 45 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Andres, Joanna Pokorska
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2020-02-24 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 45 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Andres, Joanna Pokorska
Prowadzący grup: Krzysztof Andres, Dominika Kułaj, Przemysław Podstawski, Joanna Pokorska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.