Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.GDZ.BIOIN.SM.HZOBX Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka
Jednostka: Katedra Genetyki i Metod Doskonalenia Zwierząt
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest zaznajomienie słuchaczy z bioinformatycznymi bazami danych: ENSEMBL, NCBI, PDB sposobem archiwizacji i wizualizacji danych. Analiza dostępnych sekwencji nukleotydowych oraz białkowych w oparciu o wybrane programy bioinformatyczne (np. opcja BLAST,Sequin, Cn3D, TMHMM) ma służyć studentom do przedstawienia możliwości w zakresie adnotacji sekwencji do baz danych, pełnej analizy tych sekwencji pod katem budowy, struktury oraz ich funkcjonalności. Ponadto słuchacze zapoznają się z możliwościami wykorzystania informacji z poziomu DNA/RNA/białko w badaniach filogenetycznych

Pełny opis:

Temat wykładów

1.Baza NCBI oraz ENSEMBL – omówienie struktury baz oraz zapoznanie ze sposobem archiwizacji wyników, zawartymi danymi, poszukiwanie sekwencji, rozróżnianie części kodujących i niekodujących - 3h

1.DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, polimorfizmy - określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową; narzędzia bioinformatyczne w analizie ekspresji genów - 4h

3.Analiza białek na poziomie sekwencji, rodzin i motywów, porównanie sekwencji aminokwasowych, struktury I, II i III rzędowe - 4h

4.Filogenetyka – sposób wykorzystania sekwencji DNA/białka do badań filogenetycznych - 3h

Egzamin 1h

Razem 15h

Tematyka ćwiczeń:

Baza NCBI oraz ENSEMBL, funkcja BLAST – zapoznanie z opcjami programu BLAST, identyfikacja sekwencji z użyciem poszczególnych programów BLAST – BLASTx, nBLAST, BLASTp, tBLAST,n, tBLASTx (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5 godz. każda).

DNA oraz RNA - Analiza sekwencji na poziomie nukleotydowym oraz aminokwasowym, identyfikacja i poszukiwanie polimorfizmów oraz określanie ich wpływu na sekwencję aminokwasową (np. PolyPhen-2, PANTHER). Program Sequin – umieszczanie sekwencji w bazach (5 jednostek ćwiczeniowych po 1,5 h każda).

Narzędzia bioinformatyczne stosowane w analizie ekspresji genów (2 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda)

Białka - Analiza na poziomie sekwencji, rodzin i motywów - porównanie sekwencji aminokwasowych, predykcja struktury II i III rzędowej. Analiza sekwencji przy pomocy programu Cn3D. Analiza funkcji białek. Struktury molekularne oraz komórkowe (6 jednostek ćwiczeniowych po 1,5h każda

Możliwości zastosowań narzędzi bioinformatycznych w filogenetyce – analiza struktury DNA, RNA oraz białek (4 jednostki ćwiczeniowe po 1,5h każda).

Zaliczenie ćwiczeń 1,5h

Razem ćwiczenia 30h

Literatura:

"Bioinformatyka : podręcznik do analizy genów i białek" pod red. A. D. Baxevanisa i B. F. F. Ouellette'a

"Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P.Higgs, T.Attwood

Efekty uczenia się:

-posiada wiedzę z zakresu wykorzystania programów bioinformatycznych w analizie kwasów nukleinowych i białek; rozróżnia odpowiednie bazy danych i posiada wiedzę dotyczącą metod analizy porównawczej sekwencji DNA,RNA, białek

-opisuje i definiuje pojęcia z zakresu technik rekonstrukcji filogenezy i

podstawowe metody analizy filogenetycznej

-ocenia zasady działania, wady i zalety podstawowych metod analizy

fenetycznej i filogenetycznej (analizuje procesy filogenetyczne na

podstawie zestawu danych morfologicznych oraz sekwencji DNA i białka)

-przygotowuje preparaty DNA genomowego oraz wykorzystuje amplifikację DNA oraz interpretuje wyniki eksperymentów typu end point oraz real time; przeprowadza sekwencjonowanie DNA; posługuje się bazami danych z zakresu sekwencjonowania i struktury makrocząsteczek biologicznych (DNA, RNA i białka) oraz potrafi weryfikować i analizować dostępne dane uzyskane ze źródeł elektronicznych

-posługuje się językiem angielskim w stopniu zaawansowanym (poziom B2+); czyta ze zrozumieniem i biegle wykorzystuje literaturę naukową, a także przygotowuje i wygłaszania w języku polskim i angielskim prezentacje z zakresu nauk przyrodniczych

-zna zakres posiadanej przez siebie wiedzy i umiejętności, rozumie

potrzebę uczenia się i ciągłego dokształcania; potrafi organizować proces uczenia się innych osób

-samodzielnie wyszukuje informacje w literaturze naukowej (także w językach obcych) oraz ma świadomość konieczności systematycznego poszerzania i pogłębiania wiedzy

Metody i kryteria oceniania:

Ćwiczenia - kolokwia (70% oceny końcowej) oraz prace zaliczeniowe (30% oceny końcowej)

Wykłady - egzamin

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.