Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genomika i epigenetyka zwierząt

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.6s.GEN.NI.HZOBY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genomika i epigenetyka zwierząt
Jednostka: Katedra Rozrodu, Anatomii i Genomiki Zwierząt
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 4.00
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Z założenia przedmiot ma poruszać szeroko pojęte zagadnienia związane z genomiką strukturalną, funkcjonalną i porównawczą zwierząt oraz badaniami dziedziczności pozagenowej. Realizację przedmiotu planuje się poprzez zapoznanie studentów z aktualnym stanem wiedzy z zakresu struktury i funkcji genomu oraz omówienie narzędzi wykorzystywanych w badaniu genomu oraz mechanizmów molekularnych zjawisk epigenetycznych. Uzupełnieniem wiedzy teoretycznej są zajęcia praktyczne z dziedziny genomiki porównawczej i poznawania sekwencji genomów zwierzęcych, jak również te obejmujące poznanie technologii wykorzystujących mikromacierze oraz diagnostykę zjawisk epigenetycznych.

Pełny opis:

Wykłady:

Wstęp do genomiki zwierząt. Struktura genomów zwierząt, a w tym genom jądrowy i genom mitochondrialny. Genomy zwierząt modelowych.

Bazy danych z zakresu genomiki zwierząt.

Genomika porównawcza: ewolucja genomów, paralogi i ortologi.

Definicja transkryptomu. Poziomy regulacji transkrypcji, alternatywne

składanie genów.

Technologie sekwencjonowania genomów.

Metody mapowania genomów. Chromosomika funkcjonalna - trójwymiarowa organizacja genomu w jądrze komórkowym.

Metylacje DNA u zwierząt oraz choroby z nimi związane.

Postranslacyjna modyfikacja białek histonowych i ATP-zależne modelowanie nukleosomów.

Rola niekodującego RNA (RNAi). Proces interferencji RNA. Zastosowanie RNAi w diagnostyce i terapii wybranych chorób.

Inaktywacja chromosomu X i zjawisko kompensacji dawki genu u różnych gatunków zwierząt.

Ćwiczenia:

Komputerowe bazy danych wykorzystywane w badaniach genomów zwierząt.

Analiza sekwencji kodujących i niekodujących - uliniawianie sekwencji.

Analiza porównawcza genomów in silico.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) - sekwencjonowanie przez syntezę (Illumina).

Zastosowanie mikromacierzy DNA w badaniach z zakresu genomiki zwierząt.

Analiza profilu mikroRNA. Identyfikacja genów, których ekspresja jest regulowana przez mikro RNA. Zapoznanie z bazami danych np.GENECODIS, DIANA, TargetScan, KEGG.

Ocena poziomu metylacji przy pomocy enzymów restrykcyjnych wrażliwych na metylację.

Literatura:

Allison L.A. Podstawy biologii molekularnej. WUW, 2007.

Brown T. A. Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012.

Charon K.M., Świtoński M. Genetyka i genomika zwierząt. Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012.

Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, 2013.

Rogalska S.M. i wsp. Chromatyna. Molekularne mechanizmy epigenetyczne. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2010.

Słomski R. Analiza DNA. Praktyka i teoria. PWN, 2011.

Słomski R. DNA. Praktyka. PWN, 2014.

Efekty uczenia się:

Wiedza

Student:

1. Opisuje strukturę genomów jądrowych i mitochondrialnych zwierząt modelowych oraz metody służące poznaniu genomów.

2. Ma podstawową wiedzę z zakresu genomiki i chromosomiki funkcjonalnej.

3. Definiuje pojęcia z zakresu genomiki porównawczej i ewolucyjnej.

4. Objaśnia pojęcia z dziedziny genomiki strukturalnej i ekspresyjnej.

5. Wyjaśnia podstawowe mechanizmy zjawisk epigenetycznych u zwierząt.

Umiejętności

Student:

1. Ma umiejętności poruszania się w środowisku komputerowym prowadzące do wyszukiwania, porównywania, uliniawiania genomowych sekwencji nukleotydowych.

2. Potrafi zorganizować warsztat służący poznawaniu sekwencji genomów.

3. Przeprowadza eksperymenty umożliwiające poznanie zjawisk epigenetycznych występujących u zwierząt.

Kompetencje społeczne

Student:

1. Zna zakres i znaczenie posiadanej przez siebie umiejętności i wiedzy.

2. Potrafi współdziałać w grupie przyjmując w niej różne role.

Metody i kryteria oceniania:

Pozytywną ocenę po przejściu kursu student uzyskuje na podstawie

pisemnego testu jednokrotnego wyboru z całości materiału.

Aby uzyskać ocenę 3,0 (dst) student musi udzielić 55-60% poprawnych odpowiedzi,

3,5 (pdst) - 61-70%,

4,0 (db) - 71-80%,

4,5 (pdb) - 81-90%,

5,0 (bdb) - powyżej 90%

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2020-02-24 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 25 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krzysztof Andres
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.