Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Diagnostyka molekularna

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: H.1s.DIA.SM.HZOBY Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Diagnostyka molekularna
Jednostka: Katedra Żywienia, Biotechnologii Zwierząt i Rybactwa
Grupy: Bioinżynieria zwierząt 1 sem. obowiązkowe II stopień
Punkty ECTS i inne: 4.00
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Przedmiot wykłada m. in. rolę genu i genomu jako źródła informacji dla celów diagnostycznych oraz zjawisko polimorfizmu DNA. Student ocenia jakość i ilość izolowanego z materiałów biologicznych gDNA. Zaznajamia się ze zjawiskiem mutacji oraz metodami detekcji mutacji na poziomie DNA. Zapoznaje się z możliwościami zastosowania metody PCR w hodowli zwierząt. Optymalizuje reakcję PCR i praktycznie przeprowadza amplifikację fragmentów wybranych genów i przy zastosowaniu metody RFLP rozpoznaje genotypy zwierząt i interpretuje wyniki analiz laboratoryjnych, identyfikując obecność genów o dużym efekcie. Przeprowadza analizę polimorfizmu loci mikrosatelitarnych w kontekście ustalania pokrewieństwa i badań filogenetycznych. Poznaje metody przesiewowego badania mutacji (SNP) w populacjach zwierzęcych m.in. HRM, PCR-SSCP, TGGE, DGGE

Pełny opis:

DNA-krótka historia odkryć. Genom źródłem informacji dla celów diagnostycznych Przypomnienie pojęć biologii: przyczyny i rodzaje mutacji. Detekcja mutacji na poziomie DNA, rodzaje mutacji i skutki mutacji genowych.

Diagnostyka molekularna w wykrywaniu chorób genetycznych bydła, owiec, świń koni i ptaków, psów i kotów.

Zastosowanie diagnostyki molekularnej w weterynarii. Diagnostyka mikrobiologiczna oparta na analizie materiału genetycznego.

Analiza loci mikrosatelitarnych i minisatelitarnych w określaniu pokrewieństwa zwierząt (badania filogenetyczne).

Czynniki decydujące o wyborze metody diagnostycznej, klasyfikacja metod, wybór, weryfikacja i walidacja metody. Etapy ewaluacji metod diagnostycznych.

Metody pobierania, przechowywania materiału biologicznego, izolacja DNA, zasady oceny, przechowywania i przesyłania wyizolowanego DNA.

Metoda PCR, Optymalizacja reakcji z wykorzystaniem gradientu temperatury przyłączania starterów, ocena specyficzności produktu, czynniki warunkujące efektywność reakcji PCR. Analiza sekwencji w programie BLAST.

Metoda RFLP. Identyfikacja zmienności metodą PCR-RFLP, zastosowanie jej w wykrywaniu genów o dużym efekcie.

Real-time PCR- genotypowanie zwierząt metodą różnicowania alleli AD. Metoda HRM.

Elektroforeza w żelu agarozowym. Metody oczyszczania produktu PCR z żelu agarozowego, przygotowanie produktu PCR do sekwencjonowania.

Polimorfizm konformacyjny ssDNA –SSCP, MSSCP – możliwości zastosowania w badaniu SNP w populacjach zwierzęcych. Optymalizacja metody.

Literatura:

A Avise J.C. Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2008.

Biotechnologia Zwierząt pod red. Zwierzchowskiego Wyd. Naukowe PWN;

Genomy. Brown, PWN.

Genomika bydła i świni pod red. Zwierzchowskiego i Świtońskiego, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2009.

Genetyka zwierząt. K. Charon i M. Świtoński

Efekty uczenia się:

Wiedza

Student ma rozszerzoną wiedzę z zakresu diagnostyki molekularnej w hodowli zwierząt i ma zaawansowaną wiedzę z zakresu genomiki

Umiejętności

Student posługuje się technikami genetyki molekularnej w identyfikacji nosicielstwa genów warunkujących choroby genetyczne i cechy użytkowe zwierząt

Kompetencje społeczne

Student potrafi pracować zespołowo przyjmując różne role, rozumie konieczność systematycznej pracy nad projektami, i jest świadomy odpowiedzialności za efekty pracy zespołu

ma świadomość konieczności postępowania zgodnie z zasadami etyki w pracy zawodowej i społecznej

Metody i kryteria oceniania:

zaliczenie i egzamin pisemny

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2019-02-25 - 2019-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Urszula Kaczor
Prowadzący grup: Krzysztof Andres, Urszula Kaczor, Małgorzata Szczęsna
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.