Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Mechanizmy regulacji ekspresji genów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.W6R.MREKG.SI.BBTSX
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Mechanizmy regulacji ekspresji genów
Jednostka: Katedra Fizjologii Roślin
Grupy: Biotechnologia, 6 sem. stacjonarne, przedmioty do wyboru
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Na wykładach przedstawione zostaną podstawowe informacje dotyczące znaczenia informacji epigenetycznej dla kształtowania cech fenotypowych. Studenci zapoznają się z mechanizmami oraz przykładami regulacji ekspresji genów na różnych poziomach i u różnych grup organizmów, przede wszystkim w aspektach sterowania rozwojem oraz reakcji na bodźce środowiskowe. W części praktycznej studenci zostaną zapoznani z podstawową ilościową techniką badania poziomu transkryptu – techniką ilościowego PCR (real-time PCR) Taq-MAN-MGB na przykładzie badania wpływu remodelingu chromatyny na poziom akumulacji transkryptu wybranych genów.

Pełny opis:

Tematyka wykładów (15 godz. )

1. Genetyczna i epigenetyczna kontrola fenotypu – wprowadzenie (0,5)

2. Poziomy regulacji ekspresji genów u Procaryota i Eucaryota (0,5)

3. Transkrypcyjna kontrola ekspresji genów

a. Przebieg transkrypcji z udziałem polimerazy II u Eucaryota (1)

b. Czynniki transkrypcyjne (2)

c. Zmiana miejsca inicjacji transkrypcji (0,5)

d. Rola oddalonych sekwencji DNA i architektury chromatyny (0,5)

e. Matrix attachement regions (MARs) a wyciszanie genów (0,5)

f. Modyfikacja histonów a transkrypcja (1)

g. Przemodelowywanie chromatyny (0,5)

h. Transkrypcja z udziałem polimeraz I i III (0,5)

i. Transkrypcja genów plastydowych i mitochondrialnych (0,5)

4. Potranskrypcyjna kontrola ekspresji genów

a. Alternatywna obróbka RNA: splicing i redagowanie (2)

b. Formowanie końca 3’ (0,5)

c. Transport i trwałość RNA (0,5)

5. Wyciszanie genów (2)

6. Modyfikacje potranslacyjne (1)

7. Modyfikacje czasu życia białka (1)

Tematyka ćwiczeń (15)

W trakcie ćwiczeń studenci zapoznają się z techniką ilościowego PCR (real-time PCR) w zakresie podstawowym. Wykonają prostą analizę bazującą na sondach Taq-MAN-MGB.

Ze względów technicznych ćwiczenia prowadzone w blokach o podanej ilości godzin:

1. Zasada metody real-time PCR, zasady projektowania starterów i sond, projektowanie – 4 godziny

2. Izolacja mRNA z tkanek roślinnych, synteza komplementarnego cDNA na matrycy RNA oraz eliminacja z roztworu mRNA zanieczyszczeń genomowym DNA – 5 godzin

3. Reakcja PCR w czasie rzeczywistym - oznaczenie względne ekspresji genów (Relative Quantification) – 3 godziny

4. Analiza i interpretacja wyników - odczyty z krzywych standardowych oraz normalizacja ekspresji względem kontroli endogennej, interpretacja biologiczna obserwowanych zjawisk – 3 godziny.

Literatura:

Z uwagi na dynamicznie rozwój biologii molekularnej roślin zaleca się korzystanie głównie z kompletnych materiałów udostępnionych przez wykładowcę. Można również korzystać z:

Brown T.A. „Genomy”. PWN Warszawa 2009.

Bates A.D., McLennan A.G., Szweykowska-Kulińska Z., Turner P.C., White M.R.H. „Biologia molekularna- krótkie wykłady”. PWN Warszawa 2007.

Lack A.J., Evans D.E. "Biologia roślin. Krótkie wykłady" - Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.0.0-7 (2024-02-19)