Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Cytogenetyczne techniki analizy genomu

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.W2A.CYTAG.SM.BBTSA Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Cytogenetyczne techniki analizy genomu
Jednostka: Katedra Genetyki Hodowli i Nasiennictwa
Grupy: Analityka biotechnologiczna II stopień, 2 sem. przedmioty do wyboru
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Cel kursu: Zapoznanie studentów z technikami analizy genomu opartych na metodach cytogenetyki molekularnej. Nabycie umiejętności (1) różnicowego barwienia chromosomów z wykorzystaniem barwników fluorescencyjnych oraz (2) fluorescencyjnej in situ hybrydyzacji

Tematyka: Szczegółowy przegląd technik stosowanych w cytogenetyce molekularnej oraz sposoby ich wykorzystania do lokalizacji genów, identyfikacji chromosomów i genomów oraz analizy kariotypu.

Pełny opis:

Tematyka wykładów:

1. Fluorochromy w barwieniu chromosomów roślin, zwierząt i człowieka; specyfika ważniejszych fluorochromów i ich zastosowanie - 2 godz.

2. Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ: sposoby przygotowania preparatów chromosomowych, typy sekwencji lokalizowanych in situ, sposoby znakowania próby, hybrydyzacja, detekcja i wizualizacja próby - 3 godz.

3. Wielobarwna fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (McFISH) i wielobarwna genomowa hybrydyzacja in situ (McGISH) - 1 godz.

4. Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ z wykorzystaniem techniki PRINS i C-PRINS - 1godz.

5. Mikrodysekcja chromosomów i mikroklonowanie - 2 godz.

6. Łączenie różnych technik analizy chromosomów w badaniach kariotypu; metody klasyczne, prążki C, fluorescencyjne barwienia podwójne i potrójne, metody kombinowane (C-banding/DAPI), cytometria przepływowa, analiza densytometryczna. Całościowa analiza kariotypu - 2 godz.

7. Przykłady zastosowania zróżnicowanych metod cytogenetycznych w analizie kariotypu i chromatyny; chromosomy specjalne (SAT-chromosomy, B-chromosomy, chromosomy płci), segmenty chromatyny jądrowej (heterochromatyna konstytutywna i fakultatywna), badania ułożenia chromosomów w interfazie i podczas podziałów (mitoza, mejoza), analiza kariotypów o nietypowej budowie (heterozygoty translokacyjne), analiza kariotypu u mieszańców międzygatunkowych i międzyrodzajowych - 2 godz.

8. Epigenetyczne modyfikacje chromosomów i chromatyny – metody badania i ich zastosowanie w nowoczesnej cytogenetyce; metylacje, kod histonowy - 2 godz.

Tematyka ćwiczeń:

1. Przygotowanie preparatów przeznaczonych do różnicowego (fluorescencyjnego) barwienia chromosomów – część I: trawienie enzymatyczne materiału, wykonanie rozgniotów - 2 godz.

2. Przygotowanie preparatów do barwienia – część II: inkubacja w odpowiednich roztworach - 3 godz.

3. Barwienie chromosomów wybranymi fluorochromami, obserwacja wyników barwienia w mikroskopie fluorescencyjnym, analiza i archiwizacja danych - godz.2

4. Przygotowanie preparatów cytologicznych do FISH metodą enzymatyczną; selekcja preparatów z najlepiej rozłożonymi płytkami metafazowymi - 3 godz.

5. Denaturacja DNA chromosomowego i sondy, hybrydyzacja DNA:DNA oraz immunochemiczna detekcja sondy na chromosomach - 3 godz.

6. Wizualizacja sondy na chromosomach z wykorzystaniem mikroskopu fluorescencyjnego, analiza i archiwizacja danych - 2 godz.

Literatura:

Literatura:

1. Leicht A.R., Schwarzacher T., Jackson D., Leicht I.J., 1994. In situ hybridization. BiosScientific

2. Schweizer D., Ambros P.F., 1994. Chromosome Banding. Stain Combinations for Specific Regions. Meth. Mol. Biol. 29: 97-112

3. Fukui K., Nakayama S. (eds.), 1996. Plant chromosomes: laboratory methods. CRC Press

4. Jauhar P.P (ed.), 1996. Methods of genome analysis in plants. CRC Press

5. Connor M., Ferguson-Smith M., 1998. Podstawy genetyki medycznej. PZWL

6. Schwarzacher T. and Heslop–Harrison P., 2000. Practical in situ hybridization. Springer

7. Hawes Ch., Satiat-Jeunemaitre B. (eds.), 2001. Plant cell biology. Oxford University Press

8. Pedrosa A., Jantsch M.F., Moscone E.A., Ambros P.F., Schweizer D., 2001. Characterisation of pericentromeric and sticky intercalary heterochromatin in Ornithogalum longibracteatum (Hyacinthaceae). Chromosoma 110: 203-213

9. Levin D.A., 2002. The role of chromosomal change in plant evolution. Oxford University Press

10. Singh R.J. (ed.), 2003. Plant cytogenetics. CRC Press

11. Jeanteur P. (ed.), 2005. Epigenetic and Chromatin. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, New York

12. Volff J. -N. (ed.), 2008. Plant Genomes Vol. 4. Karger

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.