Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genetyka drobnoustrojów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: B.F3.GED.SI.BBTSX Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genetyka drobnoustrojów
Jednostka: Katedra Mikrobiologii i Biomonitoringu
Grupy: Biotechnologia, 3 sem. stacjonarne, przedmioty do wyboru
Punkty ECTS i inne: 2.00 LUB 4.00 (zmienne w czasie)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Skrócony opis:

Genetyka drobnoustrojów jest bardzo dynamicznie rozwijającą się gałęzią współczesnej mikrobiologii. Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z kluczowymi zagadnieniami funkcjonowania drobnoustrojów na poziomie genetycznym.

Pełny opis:

Genetyka drobnoustrojów jest bardzo dynamicznie rozwijającą się gałęzią współczesnej mikrobiologii. Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z kluczowymi zagadnieniami funkcjonowania drobnoustrojów na poziomie genetycznym. Studenci poznają od czego zależy zróżnicowana ekspresja informacji genetycznej u drobnoustrojów i jak to wpływa na sposób ich funkcjonowania w środowisku. Przedstawione zostaną genetyczne uwarunkowania nieporównywalnej różnorodności świata organizmów prokariotycznych oraz jak wpływają one na ich ewolucję. Poruszone zostaną zagadnienia związane z modyfikowaniem genetycznym mikroorganizmów, a także istotne elementy genetyki wirusów bakteryjnych. Celem przedmiotu jest ponadto zapoznanie studentów z mechanizmami wykorzystywanymi w analizach molekularnych drobnoustrojów, tzn. izolacją DNA bakterii i grzybów, reakcjami PCR, elektroforezy, genotypowania i sekwencjonowania fragmentów genomów drobnoustrojów. Tematyka ćwiczeń: odczyt, porównanie i opis reakcji elektroforezy przy pomocy programu graficznego GIMP, stworzenie matrycy binarnej na podstawie odczytu reakcji elektroforezy, odczyt chromatogramów powstałych w reakcji sekwencjonowania w programie Chromas Pro, porównanie chromatogramów i odczyt sekwencji, identyfikacja mikroorganizmów na podstawie sekwencji wybranych genów w bazie danych NCBI BLAST, obliczanie dystansów genetycznych, przyrównywanie sekwencji wielu drobnoustrojów i konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie sekwencji w programie MEGA, szacowanie wiarygodności drzew filogenetycznych metodą Bootstrap, przygotowywanie formatów danych pod kątem programów bioinformatycznych, konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie matryc binarnych w programie SplitsTree.

Literatura:

Baj J., Markiewicz Z. (2006). Biologia molekularna bakterii. Wydawnictwo Naukowe PWN

Brown T.A. (2012). Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN

Węgleński P (2006). Genetyka molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN

Hall B.G. (2008). Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego

Turner P.C., McLennan A.G., Bates A.D., White M.R.H. (2009). Biologia molekularna - Krótkie wykłady. Wydawnictwo Naukowe PWN

Efekty uczenia się:

Charakteryzuje mechanizmy genetyczne drobnoustrojów. Porównuje różne genomy drobnoustrojów. Wymienia przykłady transferu genów w świecie drobnoustrojów. Tłumaczy rolę mechanizmów genetycznych dla funkcjonowania i ewolucji drobnoustrojów. Zna podstawowe metody stosowane w analizie molekularnej drobnoustrojów. Wie jak korzystać z podstawowych programów bioinformatycznych (Chromas, MEGA, SplitsTree) i internetowych baz sekwencji (GenBank. Zna metody szacowania relacji filogenetycznych i związków ekologicznych (UPGMA, Neighbor Joining, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, analiza bayesowska).

Metody i kryteria oceniania:

Wykłady – możliwość korzystania przez studentów z

materiałów. Ćwiczenia laboratoryjne – planowanie eksperymentów, wykonanie, krytyczna analiza wyników, wykonanie sprawozdań.

Kryteria oceny: Test-wyboru, kolokwium-ustne.

Forma i warunki zaliczenia: zaliczenie – wykłady; zaliczenie – ćwiczenia.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/2018" (zakończony)

Okres: 2017-10-01 - 2018-02-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Lenart-Boroń
Prowadzący grup: Anna Lenart-Boroń
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Lenart-Boroń
Prowadzący grup: Anna Lenart-Boroń
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-23
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia laboratoryjne, 15 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Lenart-Boroń
Prowadzący grup: Anna Lenart-Boroń
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.