Genetyka drobnoustrojów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	B.F3.GED.SI.BBTSX
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Genetyka drobnoustrojów
Jednostka:	Katedra Mikrobiologii i Biomonitoringu
Grupy:	Biotechnologia, 3 sem. stacjonarne, przedmioty do wyboru
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Skrócony opis:	Genetyka drobnoustrojów jest bardzo dynamicznie rozwijającą się gałęzią współczesnej mikrobiologii. Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z kluczowymi zagadnieniami funkcjonowania drobnoustrojów na poziomie genetycznym.
Pełny opis:	Genetyka drobnoustrojów jest bardzo dynamicznie rozwijającą się gałęzią współczesnej mikrobiologii. Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z kluczowymi zagadnieniami funkcjonowania drobnoustrojów na poziomie genetycznym. Studenci poznają od czego zależy zróżnicowana ekspresja informacji genetycznej u drobnoustrojów i jak to wpływa na sposób ich funkcjonowania w środowisku. Przedstawione zostaną genetyczne uwarunkowania nieporównywalnej różnorodności świata organizmów prokariotycznych oraz jak wpływają one na ich ewolucję. Poruszone zostaną zagadnienia związane z modyfikowaniem genetycznym mikroorganizmów, a także istotne elementy genetyki wirusów bakteryjnych. Celem przedmiotu jest ponadto zapoznanie studentów z mechanizmami wykorzystywanymi w analizach molekularnych drobnoustrojów, tzn. izolacją DNA bakterii i grzybów, reakcjami PCR, elektroforezy, genotypowania i sekwencjonowania fragmentów genomów drobnoustrojów. Tematyka ćwiczeń: odczyt, porównanie i opis reakcji elektroforezy przy pomocy programu graficznego GIMP, stworzenie matrycy binarnej na podstawie odczytu reakcji elektroforezy, odczyt chromatogramów powstałych w reakcji sekwencjonowania w programie Chromas Pro, porównanie chromatogramów i odczyt sekwencji, identyfikacja mikroorganizmów na podstawie sekwencji wybranych genów w bazie danych NCBI BLAST, obliczanie dystansów genetycznych, przyrównywanie sekwencji wielu drobnoustrojów i konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie sekwencji w programie MEGA, szacowanie wiarygodności drzew filogenetycznych metodą Bootstrap, przygotowywanie formatów danych pod kątem programów bioinformatycznych, konstrukcja drzew filogenetycznych na podstawie matryc binarnych w programie SplitsTree.
Literatura:	Baj J., Markiewicz Z. (2006). Biologia molekularna bakterii. Wydawnictwo Naukowe PWN Brown T.A. (2012). Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN Węgleński P (2006). Genetyka molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN Hall B.G. (2008). Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego Turner P.C., McLennan A.G., Bates A.D., White M.R.H. (2009). Biologia molekularna - Krótkie wykłady. Wydawnictwo Naukowe PWN
Efekty uczenia się:	Charakteryzuje mechanizmy genetyczne drobnoustrojów. Porównuje różne genomy drobnoustrojów. Wymienia przykłady transferu genów w świecie drobnoustrojów. Tłumaczy rolę mechanizmów genetycznych dla funkcjonowania i ewolucji drobnoustrojów. Zna podstawowe metody stosowane w analizie molekularnej drobnoustrojów. Wie jak korzystać z podstawowych programów bioinformatycznych (Chromas, MEGA, SplitsTree) i internetowych baz sekwencji (GenBank. Zna metody szacowania relacji filogenetycznych i związków ekologicznych (UPGMA, Neighbor Joining, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, analiza bayesowska).
Metody i kryteria oceniania:	Wykłady – możliwość korzystania przez studentów z materiałów. Ćwiczenia laboratoryjne – planowanie eksperymentów, wykonanie, krytyczna analiza wyników, wykonanie sprawozdań. Kryteria oceny: Test-wyboru, kolokwium-ustne. Forma i warunki zaliczenia: zaliczenie – wykłady; zaliczenie – ćwiczenia.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.